鮈亚科(Gobioninae)是一群集中分布东亚水系,仅个别属跨欧亚分布的中小型淡水鱼类,有近30 个属和亚属,190 余种及亚种,是鲤科(Cyprinidae)中最大的亚科之一。由于种类颇多,形态、生态和行为差异极大,因此,该亚科的单系性、系统位置、属间系统发育关系和部分属的有效性等问题,至今仍然存在着争议。本研究以线粒体细胞色素b 基因(cyt b)和控制区序列(d-loop)为分子标记,对鮈亚科鱼类进行了较为全面的分子系统发育研究。另外,还以cyt b基因序列构建分子钟,分析了鮈亚科鱼类在不同地史时期的的演化过程和规律,以及部分代表属、种的生物地理学过程。最后,还结合得到的分子系统发育关系,推测了鮈亚科鱼类形态特征的演化过程。研究得到的主要结果如下: 1. 测定了鮈亚科鱼类23 属55 种61 尾样本以及其他鲤科9 属9 种鱼类样本的cyt b 基因的全序列,另外从GenBank 下载了鮈亚科鱼类4 属4 种以及分属于雅罗鱼系各亚科的8 属8 种鱼类的cyt b 基因的全序列,以鲃系的Barbus barbus、Cyprinus carpio 和Discogobio tetrabarbatus 为外类群,总计82 条序列,采用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)、邻接法(NJ)和Bayesian 法分别构建系统发育树。结果表明,鮈亚科是一个包括鳅鮀鱼类和稀有鮈鲫在内的单系群,应归于雅罗鱼系;鮈亚科鱼类可划分为四个类群——鱼骨群、鳈群、鮈群以及似鮈群;罗马尼亚鮈属、胡鮈属、片唇鮈属和突吻鮈属应作为有效属而存在,似鱼骨属和似白鮈属为无效属,分别为鱼骨属和颌须鮈属的同物异名。2. 以分别来自相同个体的鮈亚科鱼类样本20 属34 种37 尾的控制区序列和cyt b 基因的全序列进行两个基因进化速率比较和控制区的结构分析,并讨论了控制区序列在鮈亚科鱼类系统发育上的意义。对鮈亚科鱼类两个基因进化速率比较和控制区的结构分析表明,总体上控制区序列的进化速率比cyt b 基因进化要快,但是在近缘物种间控制区序列的进化速率却比cyt b 基因要慢;鮈亚科鱼类控制