食品安全问题成为全社会高度关注的问题之一,其中,肉类掺假事件层出不穷,由于肉类制品来源复杂,加工程度高,现有的检测方法在样本肉类成分定性、定量检测过程中的局限性,对市场监管部门维护市场秩序,保障贸易公平造成了一定的困难。目前,以分子生物学方法为基础的物种鉴别技术发展迅速。该方法能针对样本中的特定动物源成份进行分析鉴别。但在以混合肉类制品为样品时,现有标准方法受引物种类的局限,无法对同一样本中多种肉源性成分进行定性检测,造成定性检测耗时长,并且存在无法定量判定等问题。哺乳动物的线粒体基因组（mt DNA）具拷贝数高,易于纯化,保守性高等特点,通过mt DNA的测序结果与现有开放数据库的比对,能对物种进行精确的鉴定;借助新型高通量测序技术,可对样本中多个序列进行测序比对,目前,这一方法能够对99.94%以上的动物源成份进行鉴定,基于mt DNA与高通量测序分析相结合成为复杂的肉源成份样品定性分析的重要方法。实时荧光定量PCR技术是在PCR技术基础上发展起来的一种高度灵敏的核酸定量技术,在转基因食品、快速检测、分子诊断等领域得到了广泛的应用。在掺假肉类制品的市场监管过程中,判定样本是无意污染还是恶意掺假等问题,对肉制品样品中肉源成份的定量测定提出了新的要求。本研究首先建立肉与肉制品中提取mt DNA的方法,其次建立样本的定性分析方法,对提取的mt DNA进行特异性扩增,通过高通量测序分析,结合数据库比对分析,获得样本的定性分析结果;再次建立样本的定量分析方法,对提取的mt DNA进行荧光定量PCR扩增,结合定量标准曲线;获得样本的相对定量分析结果。由于DNA提取效率和DNA片段的大小直接影响到定性、定量分析的结果,本文进一步探究了肉类中的嗜冷微生物、保存时间等因素对结果的影响。主要研究结果如下:（1）对动物组织的线粒体DNA样本采取酚抽提CTAB法、酚抽提SDS法、酚抽提乙酸钠—CTAB法、酚抽提乙酸钠—SDS法四种方法进行了对比研究。提取结果通过定量分析的方法进行比较。结果表明,乙酸钠—酚抽提CTAB提取的DNA样品的线粒体DNA相对含量较高更加适合后续定性和定量分析。（2）对提取的mt DNA中Cyt B基因（约400bp片段）进行了PCR扩增,对扩增产物进行高通量测序,结合开放式数据库进行样本中肉成分的定性分析。为比较不同程序在测序量、精确度上的差异,本研究同时对样本总DNA,随机片断化,直接进行高通量测序的程序;比较2种程序后,本文中采用的程序在测序量、测序成本有明显优势且准确率为100%。（3）对不同比例的牛-猪混合肉模拟样品（100%、80%、60%、30%、15%、1%）中的猪肉成分进行了基于荧光定量PCR方法的相对定量分析,为研究方法的灵敏度,同时对（1%、0.5%、0.25%、0.1%、0.01%）的模拟样本进行了检测限研究。建立了以猪源性目标基因和内参基因Ct值的差值ΔCt为纵坐标,牛-猪混合肉标准样品中猪肉百分含量的对数值lg（x%）为横坐标的标准曲线。结果表明,本文所建立的方法在牛肉混猪肉样本中猪肉含量为1%～100%范围内具有良好的线性关系（相关系数R²>0.985）,检出限为0.1%。（4）本文以牛肉为样本,研究了嗜冷微生物（假单胞菌、不动杆菌、乳酸杆菌）、贮藏时间对DNA提取效率、片段大小的影响。结果表明,不同贮藏时间冷藏牛肉类组织提取的总DNA的提取率和片段大小分布存在较大影响。随着新鲜牛肉的贮藏时间延长（1d至14d）,DNA片段越小,有机化合物污染程度越高(A₂₆₀/A₂₃₀ 2.02至1.01)、蛋白质污染程度也越高(A₂₆₀/A₂₈₀ 1.98至1.66)以及提取效率下降（从0.0202%至0.0006%）。