根系微生物在调控植物生长发育、营养吸收、非生物和生物胁迫等方面具有非常重要的作用。通常情况下,植物可以通过调控根系微生物组成和结构来应对外界胁迫,然而在有机-无机复合污染土壤中植物根系微生物的相应调节策略并不清楚。本研究通过温室试验,研究了铜单一污染、菲单一污染、菲-铜复合污染对小麦生长发育以及小麦根系微域微生物群落的相互影响。结果表明:1、根表对根内微生物的定殖起着过滤和筛选的作用,小麦根内微生物群落的结构组成与根际相比具有差异性,根内微生物多样性显著（p<0.05）降低说明根表对进入根内的微生物具有选择作用;2、铜并不影响土壤中菲的降解,但会显著（p<0.05）促进菲在小麦根内的积累,而菲的添加对小麦根系铜的吸收没有明显影响。通过试验发现重金属铜是影响小麦根际土壤微生物群落变化的主要因子;3、小麦在菲-铜复合污染条件下可以选择招募既能降解多环芳烃菲又耐重金属铜的菌属在根际环境中富集,例如新鞘脂菌属（Novosphingobium）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）、鞘脂菌属（Sphingobium）和假单胞菌属（Pseudomonas）。此外芽孢杆菌属（Bacillus）、甲基杆菌属（Methylobacterium）、溶杆菌属（Lysobacter）、节杆菌属（Arthrobacter）、短波单胞菌属（Brevundimonas）和假单胞菌属（Pseudomonas）具有降解碳氢化合物的能力,是潜在的菲降解菌。具有重金属耐受能力有放线菌纲（Actinobacteria）、γ-变形菌纲（γ-Proteobacteria）和α-变形菌纲（α-Proteobacteria）。有机污染物、重金属和根系微生物群落之间的相互作用很弱,这主要是由于超过90%的菲被功能性降解菌降解。因此,当结合根系微生物群落开展农田污染生物修复时,应对污染物类型、土著微生物组成和植物类型进行综合评估。此外,考虑到铜对菲降解和积累的较大影响,在对菲污染农田进行修复时也要考虑其他常见的重金属污染如镉、砷等是否对其降解具有影响。本研究为有机-无机复合污染物对植物-土壤-微生物三者之间的相互影响提供了更为全面的认识,并为今后开展根系微生物组调控植物自我修复过程、提升农作物抗逆性等提供理论指导。