海洋疣微菌的分离、鉴定及比较基因组分析

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疣微菌门是细菌域内已经定义明确的重要细菌门之一,是目前备受关注的PVC 类群(Planctomycetes-Verrucomicrobia-Chlamydiae superpylum)的核心成员。该谱系的成员广泛分布于多种栖息地,但是由于可培养类群稀少,导致我们对其在环境中发挥的作用了解甚少。对疣微菌进行资源挖掘,积累更多的可培养菌株并探索其代谢特性是非常重要的。根据前期的调研,盐场沉积物样品和海藻中都有疣微菌的分布。因此,本论文以疣微菌为研究对象,选取运城盐湖样品、褐藻样品和文登盐场沉积物样品,针对疣微菌类群设计分离培养基,尝试分离其中的疣微菌,并对分离得到的疣微菌潜在新菌进行多相分类和基因组测序。此外,对40株疣微菌门细菌进行基因组功能注释和比较分析,以进一步探究疣微菌的潜在特性和功能。该论文获得了以下结果:1.以运城盐湖样品、褐藻样品和文登盐场沉积物样品作为分离材料,使用3种不同方法分离培养疣微菌,共分离得到并成功测序了 1280株细菌,16S rRNA基因相似度低于98.6%的潜在新菌共有416株,丰富了微生物资源。其中,在运城盐湖样品中分离得到了疣微菌潜在新菌R5-34T;在褐藻样品分离得到了疣微菌潜在新菌5K14T和5K15T;在文登盐场沉积物样品分离得到了疣微菌潜在新菌A430T和A504T,为疣微菌门细菌积累了更多的可培养新菌资源。2.对分离得到的3株疣微菌潜在新菌进行多相分类分析,确定其分类地位。确定菌株5K14T为Puniceicoccaceae科的一个新属,并将其命名为Marinisphaera coccoides;确定菌株5K15T为Oceaniferua属的一个新物种,并将其命名为Oceaniferulaflavus;确定菌株A504T为Haloferula属的一个新物种,并将其命名为 Haloferula rubra。3.完成了 3株疣微菌潜在新菌的基因组草图测序,并对40株疣微菌菌株基因组的功能信息、代谢通路、耐药基因、抗性机制以及次级代谢产物生物合成基因簇等多种基因特征进行了生物信息学注释。根据功能注释和基因组比较分析结果可知,疣微菌门微生物不仅含有多种次级代谢产物合成基因簇和耐药基因,且大多具有亚硝酸盐还原和同化硫酸盐还原的能力,猜测疣微菌可能在生物地球化学循环中具有潜在的生态学作用。
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