本研究对七种/株原甲藻核糖体RNA基因(rDNA，包括18SrDNA、5.8SrDNA及28SrDNA的5部分序列)及其ITS序列区进行扩增、克隆和测序。将序列信息与从GenBank上下载的一些相关序列一起构建原甲藻属的系统树，并将所得各序列进行种株间遗传差异的比对，以期找出种间变异较大而种内保守的序列区域，用于设计属下种间特异性的分子探针。 在18SrDNA序列区段，将本研究的7个序列与GenBank上已有的一些相关序列构建系统树，结果发现原甲藻属可大致分为营浮游及浮游-底栖生活的和营底栖生活的两大类群。17株原甲藻的1767个位点中有315个是变异位点，属内各种株间序列遗传距离最大为0.113，平均为0.049。本研究所测的七株浮游原甲藻的序列差异较小，但在一些区域也出现了种特异性的区段，可以设计探针用于对原甲藻的检测。 由28SrDNA5端部分序列构建的系统树中，可以明显看出大部分同种的不同株系首先聚合，再和其他种相连；在此序列区域明显存在着保守区与高变异区，在高变区域，种内序列高度保守，而种间差异却很大，非常适合种特异性探针的设计。 在ITS1-5.8S-ITS2区中，虽然同种不同株系间会出现少量的碱基变异，但由于ITS1区及ITS2区的种间变异较大，仍不失为一个DNA探针设计的良好区域。 综合七种/株原甲藻在几个序列区段间的变异发现其28SrDNA5端区、ITS1-5.8S-ITS2区及其子序列ITS1、ITS2、ITS1+ITS2区的种/株间平均变异速度为18SrDNA区的十几倍到几十倍;28SrDNA5端部分序列区及ITS区的变异速度比较适合原甲藻属内系统学分析。 对近年来在我国东海引发赤潮的原因种原甲藻(Prorocentrumsp)进行的研究表明，其与P.dentatum(CCMP1517)的18SrDNA序列完全相同，在ITS1-5.8S-ITS2区及28SrDNA5部分序列区仅各有一个碱基的差异，显示出了高度相似性；从序列的比较我们初步认为它们可能是同一种，当然其是否为同种还需分类学家进一步讨论。 分离自我国南海海域的海洋原甲藻在28S和ITS序列上与其他海域分离的海洋原甲藻相差较大，其差异甚至超出有些原甲藻种间的差异；由电镜照片也可看出形态上较为明显的差异。至于其差异是种间、还是种内不同形态种间的差异还需进一步研究。