生态补偿是在生态环境保护的背景下产生和发展起来的一种经济手段。区域生态补偿是生态补偿的重要组成部分,由于生态效益的输出区域与生态效益的受益区域之间的经济发展存在差异性,对于协调经济发达地区与经济相对落后、但生态脆弱和生态功能重要地区之间的关系具有十分重要的作用。目前区域生态补偿的研究中,不足之处主要包括两个方面：(1)研究方法在区域空间尺度上缺乏普适性；(2)生态补偿的依据存在争议。因此,对于区域生态补偿机制的制定问题,关键在于选择合理的生态补偿依据,而且研究方法需具有广泛的应用性。根据这个思路,本文对区域生态补偿机制开展了专门研究。本文首先在对生态补偿的经济学基础进行梳理和分析的基础上,得出结论：如果结合研究区域的经济发展状况,对生态系统服务价值进行修正或转化,则生态系统服务价值评估可以作为确定区域生态补偿标准的有效工具；引入生态足迹理论揭示生态系统服务在供给和需求方面的地域差异,可以估算不同区域支付/获得的补偿量。然后,以山东省为研究案例,具体研究了基于生态系统服务评价的区域生态补偿机制和基于生态足迹的区域生态补偿机制。主要研究内容包括：(1)基于生态系统服务评价的区域生态补偿机制本文综合考虑区域的生态系统服务价值和经济发展水平,提出了生态补偿优先级(ecological compensation priority sequence, ECPS)作为区域间补偿的重要依据。通过对山东省不同生态区和不同县市的生态系统服务价值和生态补偿优先级进行了计算,从生态区、市和县三个空间尺度分析了山东省开展区域生态补偿的优先区域和补偿机制。研究结果表明,山东省生态区中处于西部地区的鲁西南平原湖区生态区应优先获得补偿,偏东部的鲁东丘陵生态区和鲁中南山地丘陵生态区应优先支付补偿；在山东省17地级市中菏泽市应优先获得补偿；对青岛、济南、菏泽和东营四个典型市中的各县区进行生态补偿优先级核算,四个城市中补偿优先级最低的均为市区,说明市区是生态系统服务的输入和受益地区,而周围县市的补偿优先级较高,是“生态输出”地区,应该得到区域生态补偿,其中东营河口区补偿优先级最高,为典型的高“生态输出”、经济欠发达的地区,应优先享受区域生态补偿。(2)基于生态足迹的区域生态补偿机制本文以生态足迹等生态经济学原理为基础,提出了区域生态补偿的主、客体判定,支付补偿优先级确定和补偿量计算的方法。以山东省十七个地级市为研究案例,分析了在山东省这样一个省级范围开展区域生态补偿的补偿方式和补偿标准。结果表明：山东省各市均为生态赤字,其中,青岛、潍坊、济南的生态赤字情况最为严重。山东省各市应该支付的生态补偿量为508.31亿元,济南、青岛和淄博和威海四个支付补偿优先级最高的市需支付的生态补偿量分别为78.79亿元、149.52亿元和40.7亿元和20.59亿元,这些资金可由山东省设立金融机构,以基金的形式统一协调分配,以向补偿客体提供优惠贷款,或者向补偿地区直接投资等方式进行使用,促进受偿地区的经济发展,修复遭受破坏的环境。本研究提出的基于生态足迹的区域补偿机制为开展区域生态补偿提供了客观而科学的依据,而且该方法并可运用于不同空间尺度的区域生态补偿。(3)生态补偿保障机制生态补偿机制的建立是一项复杂而长期的系统工程,涉及生态保护和建设资金筹措、使用、管理监督等各个方面,许多问题有待深入研究。为了保障生态补偿机制的顺利实施,本文提出了生态补偿的保障机制,如建立综合主管部门生态补偿理事会、考核官员的环保绩效、建立和完善公众参与制度、培养扶持环保企业、加强生态补偿的科学研究等,使我国的补偿标准科学化,补偿资金多元化,补偿制度法制化、规范化,希望可以更好的服务于生态补偿事业。本文沿着以生态系统服务功能作为生态补偿依据的研究思路,提出了基于生态系统服务评价的区域生态补偿机制和基于生态足迹的区域生态补偿机制,在两者得出的结论基础上,制定了生态补偿保障机制。最后对基于生态系统服务评价和基于生态足迹的两种区域生态补偿机制进行了对比,详细阐述和分析两者的相同点和不同点。研究成果为开展区域生态补偿提供了客观而科学的依据,并可运用于不同空间尺度的区域生态补偿。