本文选择海南省农业“层次如何划分”、“如何实现分层次更多增长”、“如何提高生产率”作为主要研究问题。研究对象为1999年至2012年海南省18个市县的农林牧渔业。研究方法有文献研究、理论研究、实证分析和比较分析。研究的分析框架由两个方面构成。一方面是将海南农业视为单一层次的经济体,基于18个市县的农业投入产出面板数据,运用超效DEA-Malmquist指数法测算得出全省分市县分时期的全要素生产率及其分解,进而根据标杆管理理论,建立海南农业发展的总体标杆,并通过SBM模型分析得到总体标杆的预期实施效果。另一方面是首先依据分层次管理理论,从地理区域分层的角度,运用系统聚类法和主成分分析对海南农业进行层次划分；然后基于各层次地区的农业投入产出面板数据,应用超效DEA-Malmquist指数法测算得出各层次地区分市县分时期的全要素生产率及其分解；最后根据标杆管理理论,建立各层次地区农业发展的区域分层标杆,并对区域分层标杆和总体标杆进行比较分析。研究结果表明：海南农业可被划分为三个不同层次的区域,其增长方式正从粗放型向精细型转变；全要素生产率的提升主要依赖于农业技术进步,增长模式属于技术诱导型；全要素生产率的变化具有时序波动性和区域不平衡特征,2010年是一个节点年份,不同层次地区间没有出现趋同效应；农业技术进步与技术效率损失并存,农业技术效率是海南省农业发展的潜在动力；海南农垦具有比地方市县更好的全要素生产率水平,农垦属地化改革会对当地农业的全要素生产率产生较大的、统计层面的利好影响；总体标杆对农业总产出不足具有放大或缩小效应,容易导致标杆学习的方向性失误和农业生产的错层管理,从而造成政策失效和资源浪费,增加生产成本；区域分层标杆能在较大程度上消除总体标杆的不良影响,使标杆学习更具针对性和可行性,促进农业经济更多增长。