基于实时荧光定量PCR的浸矿微生物群落结构分析的方法研究

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生物冶金是一种利用微生物从矿物中选取金属的技术,其具有成本低、投入小、能耗低、环境污染小等突出优点,特别适于废矿和贫矿的处理。对高效浸矿菌种的研究是生物冶金技术的关键课题之一。由于现阶段生产实践的需要,高效的混合浸矿群落已取代单一的高效浸矿菌成为研究热点。对于一个更有效的混合浸矿群落的构建,明确在浸矿过程中的群落体系变化具有重大意义。本实验基于寻找一种能在浸矿过程中对混合浸矿群落体系演变过程进行判断的方法,对实时荧光定量PCR于微生物群落体系变化的分析作用进行了研究。   针对八种浸矿细菌的混合柱浸体系,根据不同细菌间16s RNA、gyrB、soxB或者arsB等基因的差异,设计合成并评估了八对引物的特异性。其PCR产物片段大小经过测序和BLAST序列比对分析以及从Real-time PCR结果显示的Ct值和融解曲线单峰都证明了引物特异性及灵敏性。   利用Real-time PCR和RFLP两种方法分别对同一个柱浸三十天的浸矿样品进行平行分析,两者的结果均显示Leptospirillumferriphilum是占据绝对优势的菌种。相对于RFLP,Real-time PCR在检测中更具检测时间短、检测灵敏等优势。   在两个pH梯度下进行实际浸矿检验,对于这一过程中取得的DNA样品进行Real-time PCR检测。在前24天Acidithiobacillus caldus在两个梯度下都为占据优势的菌种。对比起来,Acidithiobacillusferrooxidans则一直在下降其所占比例,同时Leptospirillumferriphilum则在增加其所占总菌量的比例,这一现象的产生可能是因为Fe2+的减少以及Fe3+浓度的变化。
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