本研究以我国4品种华南型小型猪、1品种华北型小型猪、2品种高原型小型猪以及3群体野猪共10群体311头小型猪为研究对象，运用PCR—SSCP分型技术与测序法对SLA—DOA与—DOB基因外显子3以及SLA—DOB基因上游调控区进行多态分析，初步探讨中国小型猪SLA—DO类基因的群体遗传多样性，为今后进一步进行基因的功能研究提供参考依据。主要结果如下： 1、在Baba(1999)研究的基础上，通过比较基因组的方法对SLA—DOA基因进行多物种同源比对后，重新界定SLA—DOA基因外显子1、2、3区域的氨基酸残基数分别为27(1～27)、83(28～110)、94(111～204)。 2、按照国际动物遗传学会(ISAG)2005年制定的SLAⅡ类基因系统命名法的要求对新等位基因进行了初步的系统命名，建立等位基因系统进化树。本研究共发现2个，SLA—DOA新等位基因，14个SLA—DOB1新等位基因，5个SLA—DOB2新等位基因，9个SLA—DOB—URR新等位基因，序列多样性分析表明SLA—DO类基因多态性很低，但DOB1(π＝0.0101)基因多态性远比DOA(π＝0.0059)丰富；选择性检验发现DOA与DOB基因在进化过程中所受到的选择是不同的。 3、群体遗传多样性分析表明，在DOA与DOB基因的14个SNPs位点中，有4个位点(DOA—ex3+135；DOB—ex3+133、+160；DOB—URR—278)表现出小型猪与野猪间的差异与品种特异性。 4、对14个SNPs构成的单倍型块分析发现，3个稳定的单倍型块位于DOB—URR—343、—345、—278、—133位点之间，DOB—ex3+38、+52位点之间，DOA—ex3+19、+135。挑选这8个具代表性的SNPs位点，计算出非零单倍型有35种，发现8种主要单倍型块，其中有5种是两次突变才能达到，有3种经一次突变的单倍型基本上缺失了。 5、主单倍型块频率分析发现，“ATGACCGC”在10群体小型猪中频率分布高达73.2～45.3％；“CTAGCCGC”主要分布在5品种小型猪中：五指山猪(21.7％)、云南野猪(21.1％)、巴马小型猪(20.4％)、滇南小耳猪(20.0％)、甘孜藏猪(14.7％)、华南野猪(13.4％)；“ATGATTGC”主要分布在东北野猪(13.4％)与华南野猪(14.2％)中，由此可以看出，主单倍型块的分布具有一定的地理分化。