创业板的成立是国家为了支持高科技中小企业的发展而筹备设立的,自2009年10月31日第一批创业板公司上市以来,创业板作为一个新兴的具有特色的证券市场就备受关注。“三高(即高科技,高成长,高风险)”是创业板上市公司的特色,也是作为能够进入证券市场的条件,但是成立两年多以来,这个证券市场的上市公司不断出现新的问题,超募资金的挪用,高管进行股票套现,公司上市后业绩下滑等,都让投资者对创业板上市公司的价值和证券市场的有效性产生怀疑,甚至震撼了广大投资者对这个新市场的信心。因此,创业板公司治理问题就成为了一个值得研究的问题。　　 本文基于当前创业板市场的出现的上述问题状况,从上市公司代理问题方面入手,以创业板上市公司为样本进行实证研究,根据实证研究结论(即创业板上市公司存在的公司第二类代理问题),从上市公司内部以及创业板市场两个方面提出意见及建议,以达到完善创业板上市公司治理结构,保护创业板市场中小投资的目的。文章首先阐述了以当前创业板市场出现的问题作为选题的背景,以及对上市公司的代理问题的研究能够为上市公司的公司治理提供理论和实践上的指导作为研究意义。进而文章总结了国内外以不完备契约理论为视角的上市公司代理问题的文献综述,评述已有的文献研究在研究代理问题时存在的以成熟证券市场为研究对象,并选取名义第一股东持股比例的特点,得出本文以最终控制人为研究变量的改进。接着本文以不完备契约的核心即剩余控制权与剩余索取权的匹配状态所引发公司代理问题产生的进行基本理论分析,然后提出本文的最终控制人持股比例,金字塔结构,现金流权与控制权的分离等因素与企业价值关系的研究假设。　　 在实证部分,本文选取了从2009年10月31日年至2010年12月31日之前在创业板上市的153家公司为样本进行实证研究,以TobinQ指标为因变量作为企业价值的衡量,最终控制人的持股比例,控制权与现金流权等作为自变量,通过描述性分析,相关性分析以及回归分析检验得出以下结论:第一,在创业板上第二类代理问题比较突出,且最终控制人的控制权,对上市公司企业价值产生负面影响。第二,创业板上市公司不仅股权集中度较高,而且一股独大的现象比较普遍,但是股权制衡的正面治理效应并不明显。第三,金字塔持股结构下创业板上市公司企业价值低于非金字塔持股结构,且其对企业价值产生负面影响。第四,金字塔控股下控制权与现金流权的分离是当前上市公司重要的代理冲突,且其对上市公司的价值会产生负面影响。根据结论,本文分别从上市公司内部和外部提出了相关的政策性建议及意见,以达到保护创业板中小投资者,完善创业板上市公司治理结构的目的,支持高新技术中小企业的发展。