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MicroRNA(miRNA)为一类大小约22个核苷酸的非编码小分子RNA,它们能通过与靶mRNA的3’UTR(untranslated region,非编码区)完全互补导致其降解,或不完全互补结合阻碍翻译。越来越多的证据表明miRNA在动物机体中起了重要的调节作用,然而,有关猪miRNA的研究报道较少。本研究分别构建了两个小分子RNA的cDNA文库并通过不同测序技术进行测序,进而结合生物信息学方法对猪miRNA进行深度挖掘,并检测了部分miRNA的组织表达谱,取得的主要结果如下:1.通过构建一个猪骨骼肌小分子RNA的cDNA文库,挑克隆测序,再通过生物信息学注释,发现了57个miRNA,其中39个还未见报道,有2个被认为是猪物种特异新miRNA,比较发现它们仅有一个碱基差别。通过克隆测序获得了这两个新miRNA的初级转录本部分序列,采用ClustalW程序进行两两比对发现它们的前体序列基本一致,但侧翼序列保守性较差,推测认为它们可能是在猪基因组进化过程中产生的重复基因。2.通过实时定量PCR技术检测了其中8个miRNA的组织表达谱,结果显示,ssc-let-7e和ssc-miR-181b在检测的8个组织中均有表达,但表达水平不一致。ssc-let-7c,ssc-miR-125b,ssc-miR-new1和ssc-miR-new2仅在其中一些组织表达,而ssc-miR-122和ssc-miR-206分别在猪肝脏和肌肉中特异表达。3.为了进一步系统全面地分离鉴定猪miRNA,我们构建了另外一个小分子RNA的cDNA文库并采用Solexa测序技术进行了测序。文库构建采用的组织有心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、骨骼肌、胃、小肠、内脂、胸腺、肠系膜淋巴结、下颌淋巴结、睾丸、33d全胚、子宫内膜和胎盘,这些组织分别采自一头4月龄梅山公猪,1周龄杜洛克母猪,怀孕33d长白猪和大白母猪。通过Solexa测序,我们共获得了4821809条序列,去除污染和低质量序列并对重复序列计数,获得了大小为18～30nt的非冗余序列399963条,其测序数为3388980次,占总测序次数的70.28%。4.采用miRDeep程序和同源比对两种方法分别分析了Solexa测序数据,另外还采用了miRDeep程序预测了猪基因组中保守miRNA,对经由不同方法注释的结果整合发现共鉴定了460个猪保守和67个新miRNA,其中保守miRNA包含数据库收录的65个猪miRNA。比较发现鉴定的miRNA分别有269、194和164个与人、小鼠和大鼠相应miRNA序列完全一致。采用miRDeep程序对Solexa测序数据分析还发现了19个“miRNA样”新型小分子RNA,这些小分子RNA大小为27～30nt,其二级结构与miRNA前体特征完全一致。由同源比对法分析测序数据还发现了66个猪保守piwiRNAs(piRNAs)。对注释的miRNA序列分析发现其中存在大量单核苷酸多态(SNPs),这些新发现的侯选新型小分子RNA、piRNAs和SNPs需作进一步的实验验证。总之,通过构建两个小分子RNA的cDNA文库测序并结合生物信息学分析我们发现了大量miRNA,为下一步在猪中开展功能研究奠定了基础。