Cpf1的小分子抑制剂的筛选与复合物结晶的研究

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CRISPR/Cpf1系统作为CRISPR/Cas9系统之后研究最多的CRISPR系统之一,已得到了许多研究者的深入研究和广泛应用。与Cas9相比,Cpf1具有蛋白分子量小,组成简单,切割产生黏性末端且同时具有同时具有DNA和RNA内切酶活性等优点,因此在将来有望成为最有效应用最广泛的基因编辑工具之一。  本课题以LachnospiraceaebacteriumND2006Cpf1(LbCpf1)蛋白为研究对象,利用分子克隆等生物实验方法,表达和纯化出大量的LbCpf1蛋白,通过体外转录方法得到了的LbCpf1蛋白发挥DNA内切酶活性所必需的crRNA。我们从实验室购买的小分子库中成功筛选出14种小分子抑制剂。为探究筛选出的小分子抑制剂对LbCpf1蛋白的DNA酶活性抑制机理,我们进行了GSTpulldown及EMSA等分子生物学实验。结果表明有一种小分子是通过抑制LbCpf1蛋白与crRNA的结合从而抑制了LbCpf1蛋白的DNA酶活性;有4种小分子通过抑制目的DNA与LbCpf1-crRNA二元复合物的结合抑制了LbCpf1蛋白的DNA酶切活性。  最后,为进一步探究小分子抑制剂对LbCpf1蛋白DNA酶活性的抑制机制,我们将每种小分子抑制剂与其对应的蛋白或蛋白-核酸复合体进行混合后用晶体试剂盒筛选晶体,经过大量筛选和优化,成功筛选出3种小分子与蛋白复合物晶体,为后续的晶体优化研究奠定了基础。
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