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大螟(Sesamia inferens)、二化螟(Chilo suppressalis)、三化螟(Tryporyza incertulas)和台湾稻螟(Chilo auricilius)是众所周知的鳞翅目螟蛾总科水稻害虫,广泛分布于中国主要水稻种植区的重要害虫。近年来,由于气候、水稻品种以及种植制度的变化,在一些地区为害日趋严重。本文对三化螟和台湾稻螟线粒体全基因组进行测序及序列特征分析,并比较分析了4种水稻钻蛀性害虫的线粒体全基因组的异同。同时,比较分析了8种螟蛾总科昆虫线粒体基因组的特征。主要研究结果如下：1.水稻三化螟线粒体全基因组为15,223bp,包含37个典型的线粒体基因(13个蛋白质编码基因、22个转运RNA基因和2个核糖体RNA基因)和一个大的非编码区(又称控制区)。除了cox1以CGA为起始密码子,其余12个蛋白质编码基因均以ATN作为起始密码子,除了nad3以TAG为终止密码子,其余以TAA、TA和T作为终止密码子。22个tRNA基因都能形成典型的三叶草结构,只有trnSer(AGN)基因缺失DHU臂。16S的二级结构包含五个部分(标记为Ⅰ,Ⅱ,Ⅳ,Ⅴ和Ⅵ)共49个环型结构缺失区域Ⅲ,12S由3个结构域组成共33个环型结构。此外,三化螟线粒体基因组的控制区中有2个茎环结构,2个微卫星’(TA)12’和’(TA)9’,1个poly-T结构和4个19bp的重复单元。2.台湾稻螟的全长为15,367bp,37个编码基因的相对位置及转录方向与三化螟的顺序一致, tRNASer(AGN)基因的二级结构中缺失DHU臂,其余tRNA基因的二级结构均为典型的三叶草结构,2个核糖体RNA的二级结构均和其它鳞翅目昆虫的相似。此外,控制区中有五个结构域,包含一个12bp重复单元和一个27bp的重复单元,两个(TA)n微卫星结构和一个poly T结构。3.草螟科昆虫有一个"TnATnG"序列的保守区位于trnY和cox1基因之间的间隔区INGS2,大螟这一区域的序列为"TAG"。草螟科昆虫中存在一段保守的序列‘’ATACTAAA"位于trnS2 (UCN)和nad1间的间隔区IN GS4。此外,控制区中有五个重复单元,两个(TA)n微卫星结构和poly T结构,但大螟中只有一个(TA)n微卫星结构,而二化螟中却没有,大螟形成一个茎环结构,但二化螟和台湾稻螟中却没有。除了米螟和稻纵卷叶螟,其它螟蛾总科昆虫线粒体基因组中碱基A的含量高于T,异亮氨酸,天冬酰胺,亮氨酸和苯丙氨酸是四种昆虫中普遍存在的氨基酸,都使用双重简并密码子。位于trnQ和nad2之间的间隔区INGS1, atp8和atp6之间的重叠区OLS3是鳞翅目中普遍存在的,位于trnS2 (UCN)和nadl间INGS4,螟蛾总科线粒体基因组中有一段保守序列‘’ATACTA"。位于trnW和trnC之间重叠区OLS1有一段"AAGCCTTA’保守序列。