西部干旱荒漠区占我国国土的四分之一，荒漠区生态系统退化已成为我国西部主要生态环境问题之一，威胁西部地区的经济社会的发展。近20多年来，我国对荒漠生态系统综合治理开展了大量的研究，探索了许多治理模式，但每类模式通常只适宜于特定的生态环境和经济社会条件。如何合理评价各种生态综合整治模式，为各类模式的推广应用提供科学基础，是当前我国荒漠区退化生态系统综合治理需要解决的一个重要问题。本研究在“中国西部重点脆弱生态区综合治理技术与示范”之“重点脆弱生态区生态系统评价与综合治理技术的系统集成”课题的支持下，以新疆荒漠区生态系统为例，运用地理信息系统技术，针对荒漠区生态系统综合整治模式，在新疆荒漠生态系统空间格局及其形成机制、演变趋势和退化机制的基础上，分析了新疆荒漠生态系统敏感性格局，研究了新疆生态区划方案。同时，探讨了退化荒漠生态系统综合整治模式的评价指标体系。然后根据各生态区特征和各类模式的评价结果，提出了各生态区的综合治理对策。主要内容如下： 1、新疆荒漠景观格局为聚集型的景观格局；新疆荒漠生态系统的空间分布格局与气候、海拔、地形、水文条件有很强的相关关系；在荒漠区由于非降水性条件—地形因素的重要影响，在很大程度上决定了新疆荒漠植被的分布，将地形因素做为一个新的参数，用改进的Holridge生命带模型模拟了新疆荒漠植被与气候的关系，两次模拟Kappa检验系数从0.19提高到0.64，取得满意的效果；研究了新疆近20年的荒漠生态系统演变趋势，主要分布在南疆的灌木荒漠向无植被地段转移了10×104km2，表明南疆的生态环境破坏剧烈；新疆荒漠生态系统退化特征主要表现在土地荒漠化面积不断扩大，水土流失、土壤盐渍化加剧，林地资源和草场资源减少，生物多样性遭到严重威胁，湿地面积减少，洪灾危害加大。新疆荒漠化退化原因主要与其“三山夹两盆”的地形、极端干旱的气候、脆弱的生态环境相关，人为因素主要原因是人口压力造成的生态压力加大以及法律意识淡薄相关。 2、用空间主成分分析方法对新疆荒漠区的土壤侵蚀敏感性、土地沙漠化敏感性、土壤盐渍化敏感性、生态环境敏感性进行综合评价。新疆荒漠区生态环境敏感性轻度敏感区主要分布在天山西部山地，准噶尔盆地北部，吐哈盆地东部；敏感区主要分布在昆仑山，阿尔泰山中部北坡，额尔齐斯河流域西北部，准噶尔盆地南部部分绿洲，天山南坡中段部分山地，吐哈盆地；高度敏感区主要分布环塔克拉玛干沙漠低山地带，准噶尔盆地南；极敏感区在塔克拉干沙漠南部零星分布。在敏感性评价的基础上和新疆荒漠区主要生态环境问题分析的基础上进行了荒漠化敏感性生态分区。 3、针对荒漠化敏感性分区，从生态适宜性、经济可行性和社会可接受性三个方面建立了荒漠化综合治理模式的原则、标准和方法，对收集到的西部30个综合治理模式进行评价，提出荒漠区适宜的生态综合治理模式。 4、论文最后探讨了新疆荒漠区综合治理过程中的荒漠化产业途径和保障政策措施。