目的:肝细胞肝癌(HCC)是一种恶性度高的消化系统肿瘤，其病死率与发病率在全球各地有所不同。我国是乙肝引发肝癌高发的国家，新发病人数超过全球发病人数的一半。几年前肝癌引发的死因在恶性肿瘤死因中从第三位上升到第二位，且部分农村肝癌发病率有上升趋势，肝癌极大地威胁着我国人民的身体健康。近30年来，人们已经认识到肿瘤是环境因素与遗传因素共同作用的复杂性疾病，研究表明肿瘤的发生是多种基因突变累积的结果，基因测序与基因差异分析为肿瘤的靶向治疗和预后可以发挥巨大的作用。
　　方法:随着高通量测序的出现，基因测序技术进入了一个新的时代，它比起以往芯片基因检测有很多的优势。高通量测序在转录组中的应用便产生了RNA-Seq测序技术，RNA-Seq测序技术不但能分析转录本的结构和表达水平,还具有许多新的优势，它能检测未知转录本和稀有转录本、能识别可变剪切位点以及检测编码序列单核苷酸多态性(cSNP)，目前该技术已广泛应用于医学研究各个领域，在肿瘤学研究中更是有着重要的价值。
　　从数据库下载肝癌及癌旁组织高通量转录组测序原始数据，通过质控、比对、质控、差异分析等步骤对数据进行计算机分析，再对得到的数据进行筛选，最后用R软件包软件cummeRbund对结果进行图形可视化处理。
　　结果:通过对肝癌和癌旁基因的比对，超过95%的序列可以比对到人类基因组上，在肝癌中上调和下调的基因各有九千多个。通过筛选得到重要差异表达基因（P-value＜0.05）有64个，其中在肿瘤中上调表达的有19个，下调表达的有45个。上调表达基因前十个是ESM1、LAMA3、OLR1、RP13-143、RGSL1、TRPM3、NRXN3、SLC6A9、CDH13、NOTUM，下调表达基因前十个是ADRA1A、CLEC4M、MIR675、HAND2-AS1、GLS2、GLDC、SLC13A5、GPM6A、DAB2、HAL。
　　结论:通过查阅文献，其他人也得到类似的结果，说明这些基因在肝癌的发生发展中确实可能发挥着重要作用。其中部分基因在数据中的差异表达也与通过RT-PCR证实在其他肝癌组织中是一致的，如CLEC4M。也有部分基因与肝癌的转移有关，如HAND2-AS1。还有部分基因与肝癌的恶性程度与转归相关，如MIR675。这些基因中有少数可能成为肝癌分子诊断和靶向治疗的位点，然而相关的研究却不是很多，如ADRA1A。通过本次数据挖掘给未来的研究提供了方向，同时也可以对这些基因进行进一步生物信息学处理，得到更多相关信号通路信息。