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目的：研究全反式维甲酸（ATRA）对大鼠后肢芽基质细胞（rEHBMCs）的软骨发育的抑制作用，并探讨其相关的分子机制。 方法：CCK8和阿利新蓝染色检测 ATRA对rEHBMCs的细胞增殖和聚集的作用，流式细胞学检测ATRA诱导后rEHBMCs凋亡情况，RT-PCR、Elisa和Western-blot检测ATRA对软骨特异性分子SOX9和COL2A1，以及5-HOXD基因、SHH和其信号通路下游因子GLI3表达的影响。 结果：我们CCK8实验表明ATRA对rEHBMCs的增殖具有剂量依赖性的抑制作用。阿利新蓝染色表明，ATRA10-6mmol/L和ATRA10-5mmol/L显著减少软骨细胞的数量和面积（与对照组相比较，P<0.01）。流式细胞学检测结果显示，ATRA具有诱导rEHBMCs细胞凋亡的作用并呈剂量依赖性增加。我们的RT-PCR结果显示，ATRA剂量依赖性地下调SOX9和COL2A1（与对照组相比，P<0.05或0.01）的mRNA转录水平。同样的，ATRA也呈剂量依赖性地下调SOX9和COL2A1的蛋白表达水平（与对照组相比，P<0.05或0.01）。此外，ATRA显著降低HOXD9（与对照组相比，P<0.01）的mRNA转录水平和蛋白水平,且具有剂量依赖性。重亚硫酸盐特异性PCR测定提示ATRA剂量依赖性地增加了HOXD9基因启动子上游DNA序列的甲基化程度和水平。另外，ATRA诱导也能抑制rEHBMCs中SHH及其信号通路下游因子GLI3的mRNA、蛋白水平（与对照组相比，P<0.05或0.01）。为了进一步研究ATRA抑制rEHBMCs软骨发育的分子机制，我们使用了慢病毒转染HOXD9-rat-517和HH/Gli阻断剂，结果显示，相比于ATRA单独诱导rEHBMCs，慢病毒转染HOXD9-rat-517不完全但却显著减少HOXD9表达（P<0.05），而SHH的表达水平与HOXD9相平行。而GLI3、SOX9的表达水平却同时受到病毒转染HOXD9-rat-517和HH/Gli阻断剂的影响。 结论：HOXD9基因参与调控ATRA对rEHBMCs软骨发育的抑制作用，其分子机制是通过介导SHH-GLI3信号通路而对SOX9和COL2A1起作用的。