药用植物内生菌在植物微生态系统中，与宿主建立了长期和谐的联合关系，其次生代谢产物十分丰富，具有抗菌、抗肿瘤、抗病毒、杀虫、调节免疫及促进植物生长等生物活性，是筛选生物活性成分或先导化合物的有效途径之一，在工业发酵、生物制药、农业生产等领域具有潜在的应用价值。本研究从不同地区采集药用植物进行内生真菌的分离，对所分离的内生真菌进行抗植物病原菌的筛选，对具有抗菌活性的菌株进行形态学和分子生物学鉴定，并分离、鉴定具有抑菌活性的化学物质，获得研究结果如下：1.从吉林抚松、吉林白山、吉林长春、四川成都、河北唐山、湖北武汉等地区采集人参、平贝母、黄莲、水仙、金银花、菘蓝、芦荟、射干、月见草、肥皂草、红景天、黄芪、百合、天麻等药用植物，设计培养基进行药用植物内生真菌的分离，共分离内生真菌222株，对分离菌株进行低温保藏。2.利用平板对峙法，筛选分别对玉米大斑病菌、核盘菌、烟曲霉、尖孢镰刀菌、稻瘟菌、玉米灰斑病菌、蓖麻枯萎病菌、人参锈腐病菌、腐霉菌、番茄灰霉病菌等具有抑制作用的内生菌，结果有29株内生真菌可以至少对一种植物病原菌产生明显的抑制作用，其中从黄莲中分离到的菌株Cc-3和Cc-7对植物病原菌具有广谱抑菌作用，尤其对玉米大斑病菌和核盘菌抑制效果最佳。3.利用形态学和分子生物学对具有抑菌活性的29株内生真菌进行鉴定，结果表明，它们分别为隐孢壳属、茎点霉属、小球腔菌属、镰胞菌属、毛壳菌属、曲霉属、口蘑属、异茎点霉属、青霉属、裸节菌属、炭疽菌属、黑附球菌、背芽突霉属、高山被孢霉、柄孢壳菌、赤霉菌属等15个属。其中菌株Cc-7为拟隐孢壳菌(Cryptosporiopsis ericae)，Cc-3为多喙茎点霉(Phoma multirostrata)。4.通过对菌株Cc-3和菌株Cc-7及其次级代谢产物的抑菌性分析，最后确定它们都可以产生具有抑菌活性的物质，利用顶空固相微萃取(HS-SPME)气相色谱、质谱(GC－MS)联用法鉴定出菌株Cc-3产生的挥发性活性物质为四甲苯，菌株Cc-7产生的活性物质为πCaryophylleneC15H24。本研究首次从药用植物中分离出内生真菌222株，从中筛选对植物病原菌具有广谱抑菌活性的菌株Cc-3和菌株Cc-7，在玉米叶片和番茄叶片离体条件下Cc-7菌株和发酵液对玉米大斑病菌和核盘菌具有较强的抑制作用，经鉴定这两株菌产生的挥发性次生代谢产物分别为四甲苯和πCaryophylleneC15H24。本研究为植物真菌病害的生物防治提供了理论基础，为开发潜在有利的新型药用化合物提供科学依据。