南瓜属历史悠久,是葫芦科一个重要的植物种群,包含种类较多,其中最常见的栽培种是中国南瓜(C.moschata)、印度南瓜(Cmaxima)和美洲南瓜(C.pepo)。南瓜不仅营养丰富,同时对多种疾病也有很好的预防作用,截止到2016年,我国南瓜种植面积已经达到了4.2×105 hm2,产量高达7.78×106吨。与葫芦科其它物种相比,我国关于南瓜的种质资源较少,市场上更是缺少优质品种,而分子标记辅助选择育种(MAS)可以不受环境影响,缩短育种年限,已经成为目前主流的育种方式。本研究从已经测序完成的中国南瓜、印度南瓜和美洲南瓜中进行了全基因组SSR标记的开发和引物设计,统计了不同SSR类型的频率和分布;同时利用电子PCR的方法,从中国南瓜、印度南瓜、西瓜、黄瓜和甜瓜基因组中开发了种间SSR标记,并与美洲南瓜进行了染色体的同源性分析。另外,根据已开发的标记选择96对SSR引物在葫芦科7个物种间进行通用性分析。最后,从已开发的标记中选择66对多态性好的引物对本实验室引进的61份美洲南瓜种质资源进行了遗传多样性分析。具体结果如下:1.从公布的中国南瓜、印度南瓜和美洲南瓜基因组中分别开发出34375、30577、38104个SSR标记,标记间的平均距离分别是127Mb、113Mb和145Mb,其中有29133个、28905个和36234个标记被设计成为SSR引物。结果表明美洲南瓜基因组标记密度最高。2.对二碱基重复至八碱基重复SSR进行了统计,结果表明,在3个基因组中,数量最多的是二碱基重复SSR,其余依次是:三碱基、四碱基、五碱基、七碱基、六碱基和八碱基重复SSR;各SSR类型在染色体上的数量呈随机分布。同时,对每种碱基重复类型SSR的重复次数进行统计,发现每种类型SSR的个数会随着重复次数的增多而逐渐减少。3.电子PCR结果表明,中国南瓜的种间SSR数量最多,达到15274个;黄瓜的种间SSR数量最少,只有391个。对这些种间SSR进行染色体比对,发现南瓜属3个物种之间染色体同源性很高,其中有8条染色体之间存在极高的同源性。4.利用96对引物在7个葫芦科作物之间进行通用性分析,其中有87对具有良好的多态性。这87对引物在作物之间的通用性比率范围是90.0%-96.6%,多态性比率的范围是5.7%48.2%,单一多态性比率的变化范围是0-12.6%;聚类结果与传统植物学分类的结果一致。证明本研究所选用的标记具有较高的通用性和多态性,也验证了葫芦科不同作物之间的亲缘关系远近。5.61份美洲南瓜15个形态学性状的多样性指数平均值为1.04,变异系数平均值为0.35;主成分分析可将15个性状综合成5个主成分,最大贡献率为18.794%,累积贡献率为67.741%;聚类分析可以按表型不同特征划分为6个类群。6.利用66对SSR引物在61份种质中共扩增出276个位点,平均每对引物扩增出4.18个位点;Na(观测等位基因)的变化范围为2-9,Ne(有效等位基因)的变化范围为1.03-1.67,香农信息指数(Ⅰ)平均值为0.83,多态性信息指数PIC值为0.43。试验结果表明,本研究所选用美洲南瓜遗传多样性丰富,在进行育种工作时可以加以筛选和利用;PIC值反映出SSR引物多态性很好。7.依据SSR标记可以将所有种质聚为两大类,其中类别Ⅰ包括5份野生种;类别Ⅱ包括56份栽培种;群体结构分析和主坐标分析结果表明所有种质同样可以按野生和栽培分为两个类群。