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目的:
副流感病毒(PIV)是致病性仅次于呼吸道合胞病毒(RSV)的一种引起儿童急性呼吸道感染的病毒,其致病的广泛性和危害性显示了对其研究的迫切需求。本次研究,我们将建立实时荧光PCR快速检测副流感病毒的方法,为研制诊断试剂奠定基础;通过对2007年全年广州地区急性呼吸道感染儿童的咽拭子标本进行检测及流行病学分析,了解广州地区急性呼吸道感染儿童中HPIV的感染状况,为疾控防疫提供理论参考;本次研究还将完成副流感病毒全基因组序列的测定,探讨广州地区副流感病毒的基因组结构和基因型。
方法:
以副流感病毒的HN基因序列为参考,综合分析GenBank上的HN基因序列,使用引物和探针设计软件PrimerExpress设计特异性引物和TaqMan荧光探针,建立实时荧光PCR方法,用于分别检测副流感病毒1~3型,并进行灵敏度、特异性和准确性检测;收集2007年1月~12月广州市儿童医院门诊或住院部急性呼吸道感染患儿的4238份咽拭子样本,采用实时荧光PCR方法进行检测;参照副流感病毒(HPU51116)全基因组序列,自行设计了11对引物,覆盖病毒基因组的全长,以病毒cDNA为模板,分段扩增病毒基因组全长。
结果:
我们建立的实时荧光PCR方法具有较好的特异性和灵敏度,与其他常见呼吸道病毒无交叉反应;2007年的4238例标本中实时荧光PCR方法检测HPIV阳性396例,占本组检测标本的9.34%(396/4238),HPIV1阳性的145例,占本组检测标本的3.42%(145/4238),HPIV3阳性的238例,占本组检测标本的5.62%(238/4238),HPIV2散发存在;应用实时荧光PCR方法还检测到两例HPIV1和HPIV3的混合感染;副流感病毒ZYMgz01株全基因组核酸序列为15462bp,提交到GenBank的序列号为EU326526,整个基因组编码6种结构蛋白,具有3型副流感病毒的特征结构。
结论:
本研究建立的检测副流感病毒的实时荧光PCR方法具有简便快捷、特异、敏感的特点,适用于临床诊断;2007年广州地区儿童HPIV的感染率为9.34%,有两个流行高峰,HPIV的总阳性检出率都达到了18.75%;HPIV在儿童呼吸道感染中除了单一型感染外,还存在混合型感染;广州地区儿童呼吸道感染的副流感病毒ZHYMgz01全基因组为15462bp,与3型副流感病毒的同源性最高,确定ZHYMgz01是3型副流感病毒。