高度自治权是特别行政区制度的核心,是我国在“一国两制”理论指导下创造出的一种新型地方自治权。港澳回归后的实践证明:特别行政区高度自治权是实现国家统一、维护中央权威、保证港澳繁荣稳定的重要保障。但是两种截然不同的制度和文化并存于同一个国家,是一项彪炳史册的制度创举,也是一个严峻的挑战:港澳回归以来,虽然高度自治权在整体上运行良好,可是行政权、立法权和司法权在运行中也存在一些严重问题,如双普选问题、国家安全立法问题、基本法解释的冲突等问题,这就需要我们对其予以完善,保证高度自治权健康发展。本文从高度自治权的一般理论开始,详细论述了高度自治权的概念、特征、基本内容、保障和监督机制,随后通过高度自治权与其他地方自治权的比较,突出高度自治权的特色。在此基础之上,分析了高度自治权运行中存在的问题,最后针对高度自治权运行中存在的问题提出了完善的建议。本文认为,高度自治权的完善,需在尊重特区现实情况基础上,在宪法基本法框架下,在一国两制原则指导下,有针对性的提出完善的建议,只有这样才能保证高度自治权在特别行政区制度中有效运行和健康发展。文章正文共分为五部分。第一部分,阐述了高度自治权的一般理论,对高度自治权的一般原理、高度自治权的概念和特征、高度自治权的基本内容和高度自治权的理论基础进行了较为详细的阐述。第二部分,主要是对高度自治权的比较研究,主要通过对高度自治权与国外地方自治权比较、高度自治权与国内民族区域自治权的比较和香港、澳门特别行政区高度自治权的比较,来体现高度自治权是一种新型地方自治,具有程度高、范围广的特点。第三部分,对高度自治权的保障和监督机制进行了阐述,以突出高度自治权是是受到中央和基本法保障的权力,以及中央享有对高度自治权的监督权。第四部分,主要对高度自治权运行中存在的问题进行了分析,对行政权、立法权和司法权运行中存在的问题进行了阐述。第五部分,对高度自治权的完善进行了详细的阐述。针对高度自治权运行中存在的问题,提出了相关完善建议。