可培养微生物仅占自然界微生物的0.1%¹0%,不能很好地反映自然环境中微生物多样性的原始状态。随着分子生物学和系统发育分析方法的发展,以聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳（Polymerase Chain Reaction-Denature Gradient Gel Electrophoresis,PCR-DGGE）技术为代表的基于16S rDNA基因的分子生物学方法逐渐被应用于各种复杂生态系统的微生物群落的研究。本研究从农业废物垃圾好氧堆肥样品中提取出混合菌群的总DNA,粗提DNA经过纯化后,采用GC-338F/ 518R引物进行PCR扩增,采用DGGE对16S rDNA基因片段进行电泳分离,得到农业废物垃圾堆肥过程中细菌种群多样性的信息。应用QuantityOne2.0和Canoco4.5软件对获得的堆肥细菌种群数据与堆肥过程因子:环境温度、堆体温度、pH、含水率、水溶性有机碳（WSC）、C/N、水溶性氨氮（NH₄⁺-N）和硝氮（NO₃^--N）进行冗余分析（redundancy analysis,RDA）,做出样点、种群与堆肥过程因子的二维排序图。冗余分析的目的就是检验哪些堆肥过程因子或组合能够在一定程度上解释我们堆肥样品中细菌种群的变化。对细菌种群与堆肥过程因子关系特性的认识将会极大增强我们对农业废物堆肥化处理过程的理解。基于RDA分析结果绘制样点、细菌种群与过程因子的二维排序图,清晰而直观地反映细菌种群、样点与过程因子的关系。结果表明,细菌群落（样点）以堆肥过程因子为梯度大体可划分为升温期（1d²d）、高温期（3d¹1d）、降温期（12d¹8d）和腐熟期（19d³6d）四个阶段,每一阶段均有对应细菌种群存在。不同的堆肥过程因子对细菌种群的影响大小依次为: NO₃^--N>堆体温度>WSC>C/N>NH₄⁺-N>含水率>pH>环境温度,其中堆体温度、WSC、NO₃^--N与NH₄⁺-N达到极显著水平（P<0.01）,C/N与pH则为显著相关（P<0.05）,含水率与环境温度相关性不显著。