《重大行政决策程序暂行条例》的出台,将专家论证制度设定为法定程序,并规定政府应当建立决策咨询论证专家库,规范专家库运行管理制度。立法位阶上升,搭建专门化、规范化的制度平台,专家以专业、中立的角色参与到重大行政决策中,促进重大行政决策的科学化,形成一套我国专家论证的制度体系。但在实践操作中仍然存在问题。在立法上,《重大行政决策程序暂行条例》关于专家参与论证的规定粗略且缺乏程序性规定,指导意义不足。各地制定的地方规章不成体系,规范方式和内容具有较大差异,存在时间效力、地域性、层级性等矛盾。在专家论证制度组织建构上,重大行政决策专家论证主体错位,存在行政决策机关模糊、论证专家错位的问题;专家培养和参与论证基础薄弱、专家论证地位低、专家独立性、专业性和科学性保障弱;专家库建设水平有待提高,各领域专家库独立运行、专家库管理、专家入库标准不科学、专家退出机制欠缺。在重大行政决策专家论证制度实践中,存在程序启动条件不明晰、专家意见反馈机制和专家论证责任追究机制缺失的问题。本文通过对英、美、法、日及我国香港和澳门的咨询制度进行研究,总结域外专家咨询的制度优势提出了学习和借鉴意见,包括建立良好的专家咨询法律体系、构建了科学的专家培养和管理系统以及建设完善的专家参与社会基础。因此,论文基于《重大行政决策程序暂行条例》出台后专家论证制度仍然存在的问题进行分析,提出在《重大行政决策程序暂行条例》的基础上制定重大行政决策程序条例实施细则、统筹完备的地方规章体系;完善重大行政决策专家论证组织建设,建设完善咨询专家论证库、培养高水平专家;完善重大行政决策专家论证保障机制,保障专家权利与义务、建立有效的激励机制、增强专家的客观独立性;建立法律、部门和社会监督一体化的监督机制,从而促进专家论证制度的有效运行。