我国自然灾害较为严重，灾害种类多、分布分散、管理难度大，对我国造成了严重的经济、人员损失，严重影响到了社会稳定。政府作为公共产品和服务的提供者，有责任和义务为公众提供高效的自然灾害管理服务，但我国政府正面临着安全需求膨胀与资源匮乏之间的矛盾，政府必须利用有限资源向公众提供高效的灾害管理服务。因此，如何完善重大自然灾害管理问题成为学术和政府部门共同关注的问题。重大自然灾害管理机制是其有效运行的关键，它是由法律、制度、公众参与及运行机制等各子机制组成的相互联系和作用的有机系统。其基本内容可以分为静态机制和运行机制两个方面，具体内容主要包括法律法规、组织机制、参与机制；规划机制、预警机制、应急机制、恢复重建机制以及评估机制等。从2003年“SARS”以来，我国便对灾害管理机制进行了调整、优化，取得了一定的成绩，但是我国重大自然灾害管理机制存在诸多的问题，主要表现在：法律法规不健全、组织机制不健全、运行机制不畅以及NGO参与机制缺乏等几个方面。美日两国重大自然灾害管理起步较早，管理模式较为成熟，两国有很多共同点：完善的法律法规、强烈的危机意识、畅通的运行机制、健全的公民参与机制等，积极借鉴两国共同点对完善我国重大自然灾害危机管理机制有着重要的意义，我国有自己特殊的国情，建立完善重大自然灾害危机管理机制必须建立在国情基础上，结合美日两国共同实践经验，我国应该从以下几个方面入手完善重大自然灾害危机管理机制：完善法律法规，为重大自然灾害管理提供法律保障；重组、优化部门职能，完善组织机制，为重大自然灾害管理搭建组织平台；优化规划、预警、应急、恢复重建以及评估等子运行机制，为重大自然灾害管理提供畅通的运行机制；建立NGO参与机制，通过法律、制度等方面扫除NGO参与障碍，为重大自然灾害管理提供强力援助。