光纤激光共焦扫描显微镜(FOCSM)是现代光电技术相结合的新型显微成像系统。它采用具有柔性的单模光纤取代原激光共焦扫描显微镜(LCSM)中的针孔，作为点光源和点探测器，满足产生共焦条件的要求，从而能够获得出色的横向和轴向分辨能力，并在焦面上获得很薄的高分辨率光学断层图像，配合计算机图像处理技术的使用，即可实现细微结构的三维成像。FOCSM是研究细微结构的有效技术手段，近年来得到长足的进步和发展，被广泛应用在生物科学、医学科学、材料科学及微电子学等领域。 本文对单模光纤激光共焦扫描显微成像系统的成像原理进行了深入的理论分析；计算研究了探测系统前的光路系统的光能损耗，并设计了PMT探测器以及相应的前置放大电路；重点研究设计了由二维扫描驱动电路、扫描畸变校正电路、数据采集电路、双通道共享存储器电路和EPP增强型并行接口电路等共同组成的电子控制系统；设计编写了单片机与PC机之间EPP并行接口通信接口的传输程序，其中包括单片机固件程序、PC机核心态驱动程序和用户态应用程序。 本文设计研制出的FOCSM系统的二维扫描驱动、数据采集和传输的电子控制系统在完成调试之后，己能正常稳定的运行。