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目的:毕氏肠微孢子虫（Enterocytozoon bieneusi,E.bieneusi）和芽囊原虫（Blastocystis）是重要的人兽共患机会致病性肠道原虫,寄生于人和多种动物的肠道上皮细胞。这两种病原体可通过粪-口途径进行传播,呈世界分布,热带地区更为常见。海南全省位于热带,其中部山区是黎族的主要聚集地,经济与公共卫生基础建设相对落后,是各种热带病包括肠道寄生虫病的高发区。该地区E.bieneusi和Blastocystis的流行情况、基因型/亚型分布和遗传进化规律尚不清楚,因此有必要开展对海南中部山区人群的E.bieneusi和Blastocystis的分子流行病学研究,掌握评估其人兽共患风险及对公共卫生的危害性。方法:选取海南省中部山区的白沙、乐东和昌江三个黎族自治县,随机收集住院与门诊患者、学生和居民的粪便样本共2261份。对样本进行处理并提取核酸,通过PCR对样本E.bieneusi ITS（Internal Transcribed Spacer）和Blastocystis SSU r RNA（Small-subunit Ribosomal RNA）基因的Santin区进行扩增。阳性样本进行双向测序,根据测序结果进行序列分析和系统发育分析,确定海南中部山区E.bieneusi和Blastocystis的感染率、基因型/亚型和遗传进化关系。结果:（1）E.bieneusi分子流行病学。海南中部山区人群E.bieneusi总感染率为2.7%（62/2261）,白沙、昌江和乐东感染率分别为1.2%（18/1506）、7.9%（33/418）和3.3%（11/337）,昌江显著高于乐东和白沙（P＜0.001）。黎族和汉族的感染率分别为3.7%（46/1260）和2.6%（16/617）,无统计学差异（P＞0.05）。≤6岁、7岁～17岁、18岁～40岁、41岁～65岁和≥66岁年龄组感染率分别为2.6%（4/156）、1.4%（5/348）、1.7%（6/349）、3.7%（29/782）和3.7%（17/416）,无统计学差异（P＞0.05）。女性和男性的感染率分别为3.0%（32/1062）和2.6%（30/1134）,无统计学差异（P＞0.05）。用Fisher确切概率法和z-检验进一步探究影响三个地区感染率的因素,昌江黎族人群E.bieneusi感染率显著高于其余两个地区的黎族人群（P＜0.001）,三地区间汉族感染率无统计学差异。本研究共鉴定出20种E.bieneusi基因型,包括8种已知基因型（Type IV、D、Ebp C、Peru11、HNR-VII、Henan-III、Peru8和WL21）和12种新基因型（HNH-19～HNH-30）。Type IV（27.4%,17/62）是海南中部山区人群E.bieneusi优势基因型,其次是D（14.5%,9/62）、Ebp C（12.9%,8/62）、Peru11（12.9%,8/62）和HNR-VII（8.1%,5/62）。白沙、昌江和乐东的基因型分别以Type IV（22.2%,4/18）和Ebp C（22.2%,4/18）、Type IV（39.4%,13/33）、Ebp C（27.3%,3/11）和D（27.3%,3/11）为主。黎族和汉族的基因型分别以Type IV（30.4%,14/46）、Type IV（18.8%,3/16）和Ebp C（18.8%,3/16）为主。7岁～17岁、18岁～40岁和≥66岁年龄组基因型均以为Type IV为主（60.0%,3/5;33.3%,2/6;29.4%,5/17）,41岁～65岁年龄组则分别以D（24.1%,7/29）和Type IV（24.1%,7/29）为主。男性和女性基因型均以Type IV（26.7%,8/30;28.1%,9/32）为主。这些分离株共有20个多态性位点。通过种群发育分析显示,所有基因型均属于组1。（2）Blastocystis分子流行病学。Blastocystis总感染率为3.2%（73/2261）,白沙、昌江和乐东人群感染率分别为3.1%（46/1506）、3.8%（16/418）和3.3%（11/337）,无统计学差异（P＞0.05）。黎族和汉族人群感染率分别为4.2%（53/1260）和1.3%（8/617）,有显著性统计学差异（P=0.001）。≤6岁、7岁～17岁、18岁～40岁、41岁～65岁和≥66岁年龄分组的感染率分别为1.3%（2/156）、4.3%（15/348）、1.4%（5/349）、3.2%（25/782）和4.8%（22/461）,有统计学差异（P＜0.05）。男性和女性的感染率分别为3.0%（34/1134）和3.7%（39/1062）,无统计学差异（P＞0.05）。用Fisher确切概率法和z-检验进一步探究分析发现白沙和昌江黎族人群感染率为3.8%（32/832）和6.0%（13/216）高于组内汉族感染率（P＜0.05）。本研究鉴定出7种Blastocystis亚型（ST3、ST7、ST1、ST4、ST5、ST2和ST6）,ST3（45.2%,33/73）是海南中部山区人群Blastocystis优势亚型,其次是ST7（21.9%,16/73）、ST1（19.2%,14/73）、ST4与ST5（6.8%,5/73）,ST2和ST6各在一份样本检出。昌江和白沙的亚型均以ST3（47.8%,22/46;52.9%,9/17）为主,乐东为ST7（36.4%,4/11）。黎族的亚型以ST3（47.3%,26/55）为主,汉族不突出。7岁～17岁、41岁～65岁、≥66岁年龄组的亚型以ST3（46.7%,7/15;56.0%,14/25;40.9%,9/22）为主,18岁～40岁年龄组为ST3（40.0%,2/5）和ST1（40.0%,2/5）。男性和女性的亚型均以ST3（47.0%,16/34;43.4%,17/39）为主。结论:（1）本课题首次对海南中部山区人群E.bieneusi感染情况进行调查,该地区人群E.bieneusi感染率为2.7%,昌江地区黎族人群E.bieneusi感染率显著高于其余两个地区的人群;三个地区间民族、年龄和性别无统计学差异。（2）本研究检测出20种E.bieneusi基因型,包括8种已知基因型（Type IV、Ebp C、HNR-VII、Peru11、D、Henan-III、Peru8和WL21）和12种新基因型（HNH-19～HNH-30）,Type IV是海南中部山区人体中优势基因型。不同地区及黎汉族基因型分布存在差异,这可能与不同的生态环境及生活习惯有关。（3）本研究分离得到的E.bieneusi存在20个多态性位点,提示海南中部山区E.bieneusi遗传多样性,本研究中检测到的所有已知基因型均在海南的动物体内检测到,所有新基因型均归属于组1,可能存在人兽互传风险,有较高的公共卫生学意义。（4）本课题首次对海南中部山区人群Blastocysis感染情况进行调查,该地区人群Blastocysis感染率为3.2%。黎族人群Blastocysis感染率显著高于汉族;≥66岁年龄组与7岁～17岁年龄组Blastocysis感染率高于其他年龄组。（5）本研究共鉴定出7个Blastocysis亚型（ST3、ST7、ST1、ST4、ST5、ST6和ST2）,ST3是海南中部山区人群优势亚型。乐东亚型分布与其余两地存在差异,这可能与外来人员交流密切程度有关;黎汉族间亚型分布存在差异,可能与生态环境和生活习惯有关。本次研究发现的Blastocysis亚型分布与我国其他地区亚型分布存在差异,提示了本研究检出的基因亚型可能存在地理隔离特征。