9·11事件之后，恐怖主义再度成为人们关注的焦点。随着各国加强对航空港口的安全管理力度，恐怖分子把目标转移到不设防的海洋。现代海盗跟海上恐怖分子相互勾结，两者在实践中难分仲伯，因而有力的打击海盗行为，也是有效遏制海上恐怖活动的重要途径。虽然目前对海上恐怖主义还没有权威的统一定义，但哪些是海上反恐针对的对象，在国家实践中已经达成一定默契。海洋安全没有边界，维护海洋安全，需要国家间的相互合作。怎样合作，如何合作，成为本文试图探讨的又一重要问题。双边合作模式，国家之间直接磋商，安排相互的权利义务，内容灵活多样，且易达成一致。对于区域内海域安全，需要多国之间相互协调，区域性论坛式组织合作模式，以一种开放、灵活的合作方式，来应对本区域共同的海上安全问题。国际组织的合作，在海洋安全方面，主要是通过国际海事组织，由于该组织具有独立的法律人格，完备的常设机构，固定的会议制度，明确的议事规则和连续的处理组织事务的能力。因而，在这种比较完备的制度下，各成员国有义务在制度化的模式下合作，这种合作比较稳定，而且制度性强。本文试图通过对三种合作模式的分析，探讨海上反恐的合作出路。第一章主要是阐述相关概念。由于没有一个普遍接受的恐怖主义行为，要抽象出一个“海上恐怖主义”尚需时日。《制止危及海上航行安全非法行为公约》中的非法行为是国际社会公认的具体海上恐怖主义行为，但是并没有能够穷尽所有的海上恐怖主义行为。本文区分发生地方的不同，对领海内和领海以外的危害海上安全的行为，都归入海上恐怖主义，是海上反恐的对象。为下文分析合作反恐，奠定基础。第二章开始具体分析海上反恐的合作模式。美国在9·11事件之后，开始构筑全球反恐体系，出台了一系列反恐措施，在海上反恐方面比较有代表性的就是《集装箱安全倡议》。该倡议是美国专门针对海上恐怖主义而发起的措施，通过和主要港口国家签订双边协议，将美国的国防线扩展到国外，自己的港口成为最后一道防线。尽管是双边协议，各国有权自主决定是否与美国合作，但是其浓厚的单边主义色彩不言而喻。然而由此也看出，双边合作式反恐中，内容灵活多样，肘效性和执行性比较强。第三章重点介绍了区域性合作模式，以马六甲海峡安全为例。马六甲海峡一直是海盗行为猖獗的地带，随着恐怖分子在陆上的生存空间变窄，他们也转向海洋。在东南亚，恐怖分子已经和海盗勾结在一起，因而打击海盗本身，也是对恐怖分子的重创。在这一章中，介绍了几种区域内打击恐怖分子维护海峡安全的合作方式，包括沿岸三国的联合巡逻，东盟地区论坛式合作模式，以及2006年9月生效的《亚洲打击海盗及武装抢劫船只的地区合作协定》确立的合作。第四章分析国际组织合作模式，主要介绍了国际海事组织在9·11事件之后开展的一系列活动。作为现今最广泛、最专业的海洋安全的国际性组织，在海上反恐方面发挥着举足轻重的作用。该组织利用其专业化、制度化等优势，制定了一系列的海上安全航行的规则和指南，为海上反恐制定了标准，确立了法律依据。并且顺应目前的海上安全的形势，在立法方面也有新的发展，本章对此也作了分析。在结论部分，总结了三种合作模式各自的优缺点，并得出结论，各地区根据各自的实际情况，同时运用双边、区域性多边论坛模式和国际组织的合作方式，以点线面结成的立体反恐之网，遏制恐怖主义势力在海上的蔓延。同时本文也认识到，从法律角度看，只有通过有效的国际组织合作模式，在平等自愿的基础上达成一致，并且考虑恐怖主义产生的根源，从源头上消灭恐怖主义才是最终的出路。