当前，我国湖泊富营养化问题日益加重，在富营养化的研究中，人们常以水体微生物作为主要研究对象，对富营养化湖泊中底泥微生物群落进行系统分析的研究却十分有限，其实底泥微生物与水体微生物关系紧密，共同组成太湖的整个生态系统，在富营养化过程中起关键作用。因此，研究富营养化水体底泥微生物群落结构和变迁，将有助于人们全面认识富营养化对整个水生态系统的影响。本研究选用无锡太湖竺山湖段太湖底泥为研究样本，在前人研究工作的基础上，对6种太湖底泥基因组DNA提取方法进行比较，找到了一种适合太湖底泥微生物基因组提取的方法。采用近年来研究生境中微生物多样性运用较为广泛的分子生物学方法——限制性末端片段长度多态性（T-RFLP）技术分析细菌群落和聚磷菌群落的垂直分布。结果表明：太湖不同深度底泥中生物总量与有机质含量呈正相关，即表层最多，随着深度的增加而减少。细菌多样性则表现出随着深度增加而增加的趋势，而不同深度聚磷菌群落结构多样性差异不明显。变形菌属、微囊蓝细菌属、芽孢杆菌属和芽孢梭菌属普遍存在于不同深度的底泥中，且具有多样性。太湖多年的富营养化造成了表层沉积物中营养物质明显提高，使不同深度底泥细菌群落结构发生了转变，多样性也逐渐减少，很多在深层底泥中能够检测到的细菌不能在表层底泥中繁殖，预示着太湖生态系统的逐渐衰落。因此在治理太湖富营养化问题上，除了控制外源污染，截留减排的同时，需要从根本上恢复表层底泥细菌的群落结构，恢复底泥生态系统的功能，从而激发底泥微生物净化污水的能力。