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该论文根据当前蛋白质组学研究的热点问题,对其方法学及应用进行了以下方面的研究：发展了一种集分离和检测于一身的高通量蛋白质研究技术--毛细管等电聚焦电喷雾质谱法;把相关原理应用于质谱CID谱图的数据解析中,提出了一种新型的模式相关算法,大大提高了利用质谱不测定多肽的氨基酸序列的易用性和准确度;利用毛细管电泳、高效液相色谱、HPLC-MS和时间分辨ESI质谱法对蛋白质与蛋白质反应、蛋白质去折叠进行了研究;研制了一台圆柱形离子阱装置,对付里叶变换检出技术进行了初步研究.