七个猪基因的SNP检测、与初生重性状关联分析和两个基因的克隆

来源 :华中农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:luping303
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初生重是一个重要的繁殖性状,研究表明,长白猪60日龄重与35日龄重均与初生重呈正相关且初生重与生长速度呈正相关。此外,初生重与育成率也有很大的关系,初生重在1.0Kg以下时,仔猪育成率随着初生重的增加而上升;初生重小于等于0.5Kg时,仔猪育成率仅为55.56%。由此可见,猪的初生重在一定程度上直接影响猪的育成率和生长速度。鉴于此,本文以初生重性状为切入点,初步研究了几个基因与初生重之间的关系,并取得了以下研究成果:  1.克隆获得了猪TRIM29及DUSP4两个基因的CDS全长,其中分离得到了TRIM29基因长为1746bp的cDNA序列,包含423bp的5’UTR,849bp的ORF以及474bp的3’UTR。蛋白质预测结果显示其编码区所编码的蛋白质含282个氨基酸残基,分子量为32.2 kDa,等电点为5.5,同源性比对结果显示其与人和鼠氨基酸序列的同源性均为94%;分离得到了 DUSP4基因长为1009bp的cDNA序列,包含49bp的5’UTR,927bp的ORF以及33bp的3’UTR,编码308个氨基酸,所编码的氨基酸序列等电点为5.75,分子量为33KDa。同源性比对结果显示其与人和鼠氨基酸序列的同源性分别为80%和74%。  2.分别对DUSP4,TRIM29,IGJ,LGALS9,AP3D1, ABCF1,VDUP1基因的SNP和广东长白猪群初生重性状进行了性状关联分析,结果发现 DUSP4, TRIM29和VDUP1基因上的SNP各基因型之间初生重差异不显著;IGJ、LGALS9、AP3D1和 ABCF1基因上的 SNP各基因型之间初生重差异显著或极显著,其 P值分别为0.0148、0.0063、0.0193和<0.0001。  3.进一步对ABCF1和AP3D1基因上的两个SNP和金林大白猪群体的初生重性状进行了性状关联分析,结果发现这两个基因上的 SNP各基因型之间初生重差异均极为显著,其P值分别为0.0085和0.0003。  4.对DUSP4、TRIM29、IGJ和LGALS9基因进行了染色体电子定位,结果显示猪这四个基因分别定位在SSC6 q2.1, SSC9 p1.3, SSC8 q1.1,SSC12 q1.1。
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