基于线粒体全基因组的中国柑橘木虱地理种群多样性分析

来源 :华南农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:jht20007
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
柑橘木虱(Diaphorina citri Kuwayama)是柑橘生产上的毁灭性病害—黄龙病(Huanglongbing,HLB)的传播媒介,可传播黄龙病菌亚洲种(“Candidatus Liberibacter asiaticus”)和美洲种(“Candidatus Liberibacter americanus”),是柑橘生产中最重要的害虫,在中国绝大多数柑橘产区是黄龙病唯一的媒介昆虫。由于黄龙病病原菌尚不能培养,也没有有效药剂防治,黄龙病至今还没有找到直接的解决方法,目前国内外主要通过控制柑橘木虱阻止其蔓延传播。因此,对该木虱种群分布的认识在黄龙病防控中起到关键作用。目前柑橘木虱已在中国13个省(区)分布,然而对其种群扩散和分布规律还不清楚,普遍认为只存在单一来源并由南往北扩散。实际上,柑橘木虱在中国发现已有100年的历史,可能具有不同的群体。本研究首次应用柑橘木虱线粒体全基因组对采自中国主要柑橘产区的22个柑橘木虱样本进行种群分类,明确柑橘木虱在中国的种群分布情况,并利用通用引物对大量样本进行种群验证,获得不同种群柑橘木虱的线粒体基因组序列,分析特异性和规律。主要结果如下:(1)获得了26个柑橘木虱线粒体基因组(21个来自中国,5来自东南亚和南亚),大小在14986至15030 bp之间,主要控制区长度在893至936 bp之间,与广东柑橘木虱线粒体基因组mt-GDpsy有相同的基因顺序、基因方向以及蛋白质编码基因(Protein coding gene,PCGs)的起始/终止密码子。(2)基于全球7个国家(中国、美国、巴基斯坦、印度尼西亚、柬埔寨、越南、马来西亚)的29个柑橘木虱线粒体基因组的13个PCGs和2个r RNA基因的核酸多态性分析,基因cox2、atp8、nad3、nad1和rrnL的平均变异性最高,cox2和rrnL有最大可变区域。中国22个样品的线粒体基因组中,除了atp8外,其余与前者相同。两者中cox1都是最保守的PCGs之一。(3)基于37个柑橘木虱线粒体基因和前5个最大变异基因(cox2、atp8、nad3、nad1和rrnL)构建的系统发育树具有相同的结构,但后者在中国组中遗传距离更远。中国木虱群体中发现两个地理区域,包括5个组。(4)柑橘木虱线粒体基因组的22个t RNA基因中有20个具有标准的三叶草结构,trnSerAGN不能在D臂上形成一个茎环结构,trnTrp没有可变环。trnAsn的T?C臂的大小可将中国两个地理区域类群区分开。美国和巴基斯坦的木虱线粒体基因组的rrnL长度比其他地区多了2 bp。(5)基于中国22个柑橘木虱线粒体基因组的SNP比较,17个SNPs分成11个基因型。nad5有5个SNPs,nad1和rrnL分别有3个SNPs,cob有2个SNPs,cox2、trnAsp、nad3和nad4分别有1个SNP。17个SNPs中的13个位于PCGs中,其中仅有3个位点编码的氨基酸发生了改变,包括:1个保守非同义替换类型位于10908bp处;2个氨基酸改变的非同义替换类型,分别位于7667bp与11726bp处。
其他文献
目的在我国,脑梗死(cerebral infarction,CI)具有高发病率、高致残率的特点,给社会和家庭带来了重大负担。氧化三甲胺(trimethylamine N-oxide,TMAO)可促进动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)、增加血小板活性以及血栓形成风险,与CI、冠状动脉硬化性心脏病等多种疾病存在相关性,但其在CI中的临床研究仍有争议。本文通过对CI患者TMAO的相关性
桃(Prunus persica L.)是一种典型的呼吸跃变型果实,主要表现在采后快速成熟和衰老。低温贮藏是广泛使用的果品贮藏方式,但连续低温容易引起桃果实贮藏冷害,出现组织褐变、果肉絮败等现象,且冷害果实中会产生过量ROS引起氧化损伤造成线粒体功能障碍等。一氧化氮(NO,Nitric oxide)是参与植物对生物和非生物胁迫反应的重要信号分子,对植物成熟衰老以及缓解贮藏冷害具有调控作用。因此,本
黄瓜,低温敏感植物,目前被作为经济作物广泛种植于温室。在黄瓜的生长发育过程中,容易受到低温损害,如倒春寒等自然现象。前人研究发现一氧化氮(NO)可以调控植物生长,也可以作为信号分子参与植物非生物胁迫调控。本研究以‘津研4号’黄瓜幼苗为试验材料,通过化学遗传法构建不同NO水平的黄瓜幼苗植株,研究植株在正常生长情况和低温(10℃/6℃)胁迫下NO对黄瓜幼苗生长发育及其低温耐受性的影响。主要结果如下:1
喀麦隆与中国正式建交于1971年3月26日。48年来,两国在政治、文化、教育、经济等方面保持着良好的互助关系。为了使喀中之间的友好关系进一步发展,中国浙江师范大学与喀麦隆雅温得第二大学通过签署有关协议,在2007年共建了雅温得第二大学孔子学院(简称“雅二大孔院”)。十二年以来,雅温得第二大学孔子学院取得了一些成绩,并且多次被汉办评为年度优秀孔院。但是,汉语教学、汉语教材、汉语教师、中国文化活动情况
本文研究了一类具有尖峰孤子解的浅水波方程(组)Cauchy问题解的若干性质,包括爆破准则,爆破率,持续性等.这些浅水波方程(组)都来源于现代力学和物理学,是非线性科学特别是孤
压裂返排液粘度大,成分复杂,处理难度较大。目前在新疆油田尚未形成一套成熟的通用处理工艺。在引入现有油田废水处理系统进行混掺的处理时,对现有系统冲击较大,严重影响油田
随着人类社会和经济的长足发展,清洁水的消耗和对生态系统的严重污染使人类面临着前所未有的水危机。据报道,全球约有三分之二的人口(40亿人口)在一年的时间里至少有一个月的时
《黑暗的左手》(1969)是著名科幻小说家厄休拉·勒古恩对西方世界最现实的批判作品之一,小说突出强调了二十世纪六十年代末至七十年代初的一系列颇具争议的社会热点。对厄休拉来说,中国经典道家思想在其小说创作中功不可没。在对道家思想进行多年的系统研究之后,她转译了道家经典名作《道德经》。本论文从爱德华·萨义德《东方学》中西方对东方的表述出发,研究厄休拉的译本《道德经》及其在《黑暗的左手》中的乌托邦叙事,
玫烟色棒束孢(Isaria fumosorosea Wize)是一种重要的昆虫病原真菌,在生物防治中有重要的应用价值。本论文利用DNA步移方法扩增获得了玫烟色棒束孢Ifcdp1基因的DNA和cDNA全长,
丁酸是一种市场容量巨大的基础化学品和精细化工品,广泛应用于食品、化学和医药领域。NADH作为酪丁酸梭菌(Clostrdium tyrobutyricum ATCC 25755)代谢网络中的一种关键辅因子