现代基金会被誉为慈善公益事业的引擎。公募基金会是以社会化动员方式吸纳捐赠,通过运作公益项目,帮助受益人获得发展实现其公益使命的非营利组织,具有解决社会问题的专业性和能动性,在社会治理中起到了增进社会福祉的杠杆作用。但近年来频频爆发的公益危机事件,体现出公募基金会运行能力与其所承担公共责任的不相匹配。如何科学定位政府与公募基金会等社会组织的关系,政府部门以什么样的理念,适当有效地进行公募基金会治理俨然成为了社会公益事业改革的重要课题之一。本文从委托-代理理论的角度出发,审视广西公募基金会与政府、捐赠人之间的委托代理关系,分析广西公募基金会现有运行机制存在的内部治理行政化、专业性透明度不足、人才资源匮乏等问题及其成因,基于委托人、代理人角色定位,提出完善公募基金会运行机制的对策：即解决委托人和代理人之问利益的冲突性和信息的不对称性问题。重点是调整政府在社会治理中的角色定位,确立政府为基金会发展提供服务和支持的理念,理顺与基金会的委托代理契约关系；建立起对称的信息沟通机制、有效的基金会激励和服务机制、良好的公众监督机制,规制公募基金会在获得适当利益的前提下为社会提供最大化的服务。以上对策将有利于防范公募基金会在承担社会公益责任过程中出现机会主义等道德风险,避免捐款人捐款被滥用、挪用,政府公共权力寻租等现象,促进广西公募基金会运行机制的完善,壮大广西公益社会组织的实力,以满足公民对公益服务产品的需求。