钩端螺旋体病(简称钩体病),是由致病性钩端螺旋体引起的一种人兽共患疾病,在世界范围广泛分布,尤其流行于热带地区。中国是受钩体病危害十分严重的国家之一,历史上曾发生多次大流行。目前,国际上对钩端螺旋体的分类方法主要有两种：血清学分类和基因分类。以血清型为基本分类单位的血清学分类,其分类基础是存在于菌体外膜上的脂多糖(LPS)的抗原决定基。在全球范围内,钩体至少包括24个血清群250个血清型。在我国以黄疸出血群和波摩那群流行最广,危害最为严重。血清学分类的操作主要应用显微凝集试验(MAT)和凝集素交叉吸收试验(CAAT)。该方法需要保存大量的标准菌株,操作繁琐且费时费力。基因分类是通过比较基因DNA片段核苷酸序列同源性来对不同菌株进行分型,可从遗传学和分子生物学水平上阐明不同钩体菌株的差别。随着近年来分子生物学技术的发展,一些分子分型方法逐渐被应用到钩体分子分型上,例如扩增片段长度多态性(AFLP)、脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点序列分析(MLST)、多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)等等。本试验旨在将PFGE、MLST和MLVA三种方法用于钩端螺旋体分型比较研究,通过对116株黄疸出血群钩体菌株,包括17株黄疸出血群参考菌株和99株分离自四川、安徽和江西的菌株进行分型,一是从分子流行病学的角度对分型结果进行描述和分析,发现地方优势菌株；二是揭示血清学分型与基因分型之间的联系；三是通过比较这三种不同的方法,为我国预防和控制钩端螺旋体病找到适宜的应对策略。通过本试验,我们发现PFGE分型结果与MAT具有较好的一致性,PFGE能将同血清群不同血清型的菌株分开；MLVA操作简单,所需DNA量少,实验室之间数据易比对,适合快速检测、诊断；PFGE和MLVA的分型结果呈现出明显的地理分布特征。MLST的分型能力不如PFGE和MLVA,适合用来做遗传和生物进化方面的研究以及国际间菌株的比较。我国钩体各省份分离株都有其优势型别。MLST分型以ST1和ST17型为主。2003年,我国科学家首次完成问号钩端螺旋体黄疸出血群赖株的基因组DNA全序列测序和分析工作。之后,有国外学者完成问号钩端螺旋体黄疸出血群哥本哈根型FiocruzL1-130株的全基因组测序。为了能够在基因水平上对钩端螺旋体有更多更深入的了解,得到这17株黄疸出血群参考菌株的全基因组序列,本实验室和上海交通大学病原生物学教研室合作,对17株黄疸出血群钩端螺旋体菌株进行全基因组测序。本课题获得了17株黄疸出血群钩端螺旋体参考菌株的单个菌落,进行传代培养,用酚／氯仿法提取了DNA。为接下来的测序及数据分析工作打下了基础。