太行鸡是一个广泛分布于太行山区的地方鸡种，具有耐粗饲、抗逆性强肉蛋品质优良等优点，但其存在着产蛋率低、料蛋比高等的缺点，这些缺点严重影响了该鸡种的规模化养殖。因此，提高其产蛋性能是促进该鸡种有效保护和利用的前提和基础。产蛋性能是一种低遗传力的性状，通过传统选育的方法很难取得理想的效果，利用杂种优势可以提高生产力，降低生产成本，使经济效益得到提高，合理利用太行鸡品种优良基因，对于充分发挥地方品种特点具有重大意义。早期的杂种优势预测主要依靠杂交实验测定配合力，耗时耗力。分子标记的产生与发展为杂种优势预测提供了有力的工具，人们在这方面也开展了大量的研究工作，但结果不尽相同，本研究拟探讨应用分子标记进行杂种优势预测的影响因素，为分子标记应用于杂种优势预测提供一定的参考。　　首先选取10个多态性较高的微卫星标记位点对太行鸡与几个高产商品蛋鸡亲本进行遗传学分析，计算杂种遗传距离，结果得出太行鸡与罗曼粉父母代父本遗传距离最大(0.3407)，海兰灰父母代父本与京粉1号父母代父本遗传距离最近(0.0566)，据此推测罗曼粉父母代父本与太行鸡母本的杂种优势较高，而海蓝灰及京粉1号父母代父本与太行鸡母本的杂种优势较低。选取这三个组合进行杂交实验验证，通过测定这三个杂交组合F1代开产日龄、43周产蛋率、72周产蛋率、平均蛋重等指标，并计算杂种优势率。结果表明，太行鸡母本与罗曼粉父母代父本、太行鸡母本与海兰灰父母代父本这两个杂交组合杂种优势率较大，平均杂种优势率分别达到12.95％与12.54％均较高。从这一结果看太行鸡母本与罗曼粉父母代父本以及太行鸡母本与京粉1号父母代父本杂交结果与预测结果一致，而太行鸡母本与海兰灰父母代父本杂交结果与预测结果正好相反。　　由于所选择的微卫星标记位点与鸡繁殖性状的连锁率很低，推测可能通过与性状直接连锁的分子标记对杂种优势预测效果更可靠，因此本研究选用VIPR-1基因、ESRα基因、FSHβ基因对太行鸡及高产商品蛋鸡亲本进行多态性检测，通过计算遗传距离预测杂种优势，结果与实际杂交效果仍有出入，与微卫星标记预测的结果基本一致。进一步在VIP R-1基因、ESRα基因、FSHβ基因中筛选与太行鸡繁殖性状相关的分子标记，检测与繁殖相关的分子标记对高产商品蛋鸡与太行鸡实际杂交效果的影响，3个繁殖性能相关的候选基因多态位点与太行鸡早期产蛋性状关联分析结果表明，VIPR-1基因5调控区中的SNP4(A-145/-)A0型与00型在37周产蛋数上显著高于AA型(P＜0.05);ESRα基因内含子1区中SNP2(A155G)AA型产蛋数显著低于AG型和GG型(P＜0.05);FSHβ基因5调控区SNP(A-464G)中，AA型开产日龄显著早于GG型(P＜0.05)，开产后平均产蛋数AA型显著高于GG型，AA型与AG型差异不显著。进一步通过单倍体型分析得出，VIP R-1基因单倍型H1H2产蛋数显著高于其他单倍型组合(P＜0.05);ESRα基因与FSHβ基因单倍型H2H3产蛋数显著高于其他单倍型组合（P＜0.05）。　　分析海兰灰父本中发现的两个特异性SNP位点（VIP R-1基因T-15/-，FSHβ基因C-126/-)，通过预测分析这两个特异位点的转录因子结合位点，发现该特异位点的不同对转录因子结合位点的影响较大，推测可能与太行鸡与海兰灰父本实际杂交效果优于其他杂交组合有关。　　为了探究杂交后代是否保持了太行鸡优良的蛋肉品质性状，本研究进一步比较了三种杂交组合及太行鸡其他性状（蛋品、屠体、肉质性状）的的差异，结果发现，太行鸡与罗曼粉父本、太行鸡与海兰灰父本两个杂交组合在产蛋率提高的前提下基本保持了太行鸡的蛋肉品质的优良性状。　　综上所述，本实验所选用的微卫星标记和候选基因多态标记进行杂种优势预测与实际杂交结果不完全一致，推测原因可能与标记的种类和数量有关;通过在太行鸡中筛选与繁殖性能相关的分子标记，得到了3个与太行鸡早期产蛋相关的分子标记和两个优势的单倍型组合，为太行鸡选育与育种提供了可以利用的分子标记位点;通过杂交实验，得到了2个高产蛋率且保持太行鸡肉蛋品质的的杂交组合，为太行鸡品种改良提供了两个性能优良的杂交组合。