高校资源的配置和使用一直是社会广泛关注的问题。本文通过建立数据包络分析模型对2005～2007年教育部直属高校的投入产出指标进行了评估。首先采用的是能够测算决策单元规模和技术同时有效的规模报酬不变C2R模型。考虑到指标重要程度的不同，我们通过权重组合分析的结果确定了较为合适的指标权系数，在C2R模型中加入对“偏好”的考察，测算规模报酬不变下决策单元的有效性。另外再结合规模报酬可变下仅测算决策单元技术有效的C2GS2加法模型的计算结果，对各决策单元特别是那些非有效的决策单元进行了全面评估，包括对非有效决策单元各指标权系数、影子价格以及产出指标不足率的测算。结果表明所选的68所代表中国高等教育较高水平的教育部直属高校整体有效性较低，而所有指标中人力投入和科研产出对其有效性的影响最大。这些分析仅是对决策单元的效率进行了好坏两组之分，为了得到更加详尽的决策单元间效率比较的情况，我们用三种方法对决策单元进行了综合测评和排序，分别是：超效率模型（Super-Efficiency DEA model），交叉效率矩阵（Aggressive Cross-evaluation）和有效决策单元引用次数（efficient DMUscited time）。通过对这三种方法的结果分析，得到了高校资源配置有效性排名，这一排名与目前社会上热烈讨论的高校排名大相径庭。网上的排名绝大多数都是以产出作为评价衡量的标准，这有可能会误导高校对自我的认识，在一定程度上影响高校的发展。　　 最后为了更加全面地进行分析，在静态DEA模型分析之外引入了Malmquist生产指数考察高校的跨期生产率。通过对全要素生产率指数及其分解的技术效率变动指数、技术进步指数、纯技术效率指数和规模效率指数的测算，我们得出结论：高校效率随时间推移呈衰退趋势，且高校资源配置的有效性存在区域差别，经济水平较高地区特别是在北京、上海，高校的效率反而偏低。经济水平较低地区如四川，高校的效率反而偏高。　　 论文最后根据以上模型的评价结果，为高校资源配置的合理性、资源利用的有效性提出了一些自己的见解和意见。