随着我国经济的发展,政府绩效审计在促使公共部门改善资源管理,提高公共部门管理成果方面的信息质量发挥着越来越重要的作用。温家宝总理曾在2009年的政府工作报告中强调“财政资金运用到哪里,审计就跟进到哪里”。2013年6月18日,河南省水利厅,河南省财政厅以豫水农[2013]34号文联合下达《关于对第三、第四批小型农田水利建设项目2013年度实施方案的批复》将继续以国家支持河南省加快建设中原经济区为契机,继续加大农田水利基本建设投入,进一步夯实国家粮仓基础。内乡县小型农田水利重点县项目2013年度工程即是按照河南省水利厅,河南省财政厅以豫水农[2013]34号文联合下达的《关于对第三、第四批小型农田水利建设项目2013年度实施方案的批复》筹建的。本文在介绍了政府绩效审计的研究背景及研究意义,总结了国内外研究成果的基础上,对具体的涉及农田水利项目绩效审计基础理论,方法和评价体系等研究内容进行了梳理。以内乡县小型农田水利项目绩效审计活动为例,依据项目的投入产出这一过程,发现的主要问题分为三大方面,分别从绩效审计投入的资源、绩效审计实施体系以及绩效审计的产出结果来发现问题。具体而言,针对投入资源方面的绩效审计法律法规不完善和绩效审计人员专业胜任能力不足两个存在问题,文章给出了完善绩效审计法律法规和提升审计人员专业胜任能力的具体建议；在绩效审计过程中的实施体系方面,则提出了绩效审计量化指标随意性过强和绩效审计手段过于单一的问题,同时也给出了改进绩效审计量化指标克服随意性和完善绩效审计方法手段的具体措施；审计流程最后一部分,即绩效审计产出结果方面则是针对项目的信息公开度过小以及后续的跟踪监管不到位问题在文章的最后一部分给出了要增加绩效审计信息的透明度和强化绩效审计结果的实践应用,力求最大程度发挥绩效审计的效用。