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根据数量遗传学原理，大多数的经济性状是由多基因控制。分子生物学技术的发展，使猪品种改良技术在分子水平上得到发展和应用。本文应用PCR技术原理和限制性酶切片断长度多态性分析技术(RFLP)，主要研究了不同品种猪的FSHβ、ESR、HAL基因与一些重要经济性状间的关联效应。总共对1038头猪，包括中国地的方品种淮猪，引进品种大白、长白、杜洛克猪，经济性状包括总产仔数、产活仔数、初生重、初生窝重、28天断奶重、乳头数、日增重、饲料报酬、100kg体重膘厚、100kg体重日龄，活体性状：后膘、中膘、眼肌厚；生长发育性状：体高、体长、胸围、管围；胴体性状：膘厚、眼肌面积、、瘦肉率、胴体长、滴水损失、肉色、大理石纹、pH1、pH24、腿臀比率、肥肉率、皮厚、皮率、骨率等进行了测定、记录和资料统计分析；并对以上品种猪的FSHβ、ESR、HAL基因型频率等进行了检测和统计分析。
研究结果表明：
(1)产仔：皖白猪FSHβ基因头胎总产仔数和产活仔数以BB型最高，总产仔数和产活仔分别比AB型多产仔1.23头利1.13头；皖系大白头胎FSH β基因BB型多产活仔2.76头；皖白猪FSHβ-ESR组合型，BB/BB头胎总产仔数达13.14头，明显高于其它各型，比AB/BB高4.77头。
(2)增重：赣系大白和皖白猪ESR基因100kg体重日龄，BB基因型增重快、BB型比AA型日增重高44.5克；FSHβ-ESR组合型中，BB/BB与猪的增重有非常紧密的关联，BB/BB猪的100kg体重日龄最小，生长速度快25.92大，日增重最大，多113.64克。
(3)瘦肉率：皖白猪HAL基因Nn型主要是通过控制腿臀比率和膘厚来提高瘦肉率。Nn型与NN型比较，腿臀比率高1.30％，膘厚薄3.73mm，皮较薄。
(4)乳头数：ESR基因BB型、FSHβ-ESR组合型中，BB/BB型与猪的乳头数有较密切的关联。赣系大白猪ESR基因BB型乳头数高于AA型0.53个；BB/BB型乳头数高于BB/AA 0.56个。
(5)FSHβ基因频率：淮猪中，A等位基因频率高于B等位基因；在引进长白、大白、杜洛克中，B等位基因频率高于A等位基因。
(6)ESR基因频率：在淮猪中，B等位基因的频率高于A等位基因；在长白、大白和杜洛克中中，A等位基因频率高于B等位基因。
(7)HAL基因频率：中国地方品种淮猪全部为N等位基因；在长白、大白和杜洛克中含有相当比例的n等位基因。