目前，国际上公认和普遍采用的原核生物分类系统是根据16S rRNA序列同源性建立的系统发育体系。在当前的分类系统中，高等级分类阶元的界定尚无明确标准，主要依据其能否在16S rRNA系统发育树中形成独立分枝。然而随着新物种的发现及研究的深入，仅根据16S rRNA系统发育分析结果，当前细菌域多个高等级分类阶元间的关系无法准确界定。大规模基因组测序的完成及系统发育基因组学研究方法的出现，为从新的角度进行细菌域系统学的研究提供了前所未有的机会。因此，在基因组水平寻找新的具有分类学意义的系统发育标记分子，同时利用系统发育基因组学的研究策略，重建更能反应细菌域自然进化关系的分类体系是当前细菌系统学发展的必然要求。　　本研究通过筛选细菌基因组内206个核心基因编码蛋白，得到域水平系统发育标记分子56个，门水平标记分子108个。其中，近半数的标记分子为核糖体蛋白。考虑到该类蛋白质分子间相互作用，并与rRNA共同构成核糖体，且已有研究表明，该类蛋白分子与rRNA进化相关，甚至可以反映基因组的进化，因此，本研究将核糖体蛋白与筛选得到的其他核心蛋白分别作为一个整体用于系统发育分析。同时，将该结果与基于16S rRNA构建的系统发育树相比较，探讨当前细菌域高等级分类阶元之间的系统发育关系。　　系统发育分析结果显示，基于核糖体蛋白和其他核心蛋白构建的细菌域高等级分类阶元间的关系与当前细菌域分类系统基本一致，且系统发育树各节点有高自荐值支持，拓扑结构稳定，受不同分析方法影响较小。而基于16S rRNA构建的系统发育树局部拓扑结构高度不稳定，因此，无法推导出相应分枝处高等级分类阶元间可靠的系统发育关系。核心蛋白系统发育组学方法的应用，为细菌域高等级分类阶元间关系的确定提供重要依据，其优势在物种多样性丰富的放线菌门、变形杆菌门和厚壁菌门中表现尤为突出。　　作为传统的系统发育分析方法的重要补充，特征序列研究在细菌进化中表现出了明显的优势。本研究发现了α-变形杆菌纲、拟杆菌门、绿屈扰菌门的特征性插入/缺失序列（indel序列），为相应类群内菌株的归属提供了新的参考方法。同时，发现放线菌门23S rRNA中存在的原认为门水平特征 indel序列实为放线菌纲成员所特有。