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ABC转运蛋白(ATP-binding cassette transporters)是广泛分布于真核生物和原核生物中的一个蛋白超家族,其家族成员大都整合于细胞膜或细胞器膜上,负责不同种类物质的跨膜运输。基于蛋白序列的同源性,人的48个ABC蛋白可分为7个亚家族:ABCA~ABCG。这7个亚家族在其它脊椎动物类群中均有发现,但与其他亚家族相比,ABCA亚家族在进化过程中发生基因倍增和丢失频率较高。ABCA亚家族在脊椎动物中的动态进化,主要是由于一串ABCA基因的不断倍增和丢失所致。在人的基因组中,此串基因由五个基因组成,而在斑马鱼中,只包含一个ABCA5基因。那么这一串基因是在脊椎动物的那个谱系开始倍增的呢?这些新产生的基因所受到的选择压力又是如何的呢?为了回答上述问题,我们检索了另外9种脊椎动物的基因组,并对它们所受到的选择压力进行分析,发现:1.此串基因在所检索的哺乳动物中都有5个基因组成,但狗(Canis familiaris)的ABCA10为假基因;鸡(Gallus gallus)和爪蟾(Xenopus tropicalis)中各有3个和4个基因;与斑马鱼一样,在另外两种硬骨鱼中,此串基因也都只包含一个ABCA5基因。2.所有脊椎动物的ABCA5基因形成单一的一簇,而所有非ABCA5基因构成另外一簇(clade)。暗示ABCA5在脊椎动物分化之前就已经产生了,而非ABCA5则是在四足类从硬骨鱼中分化之后由ABCA5倍增而来。3.非ABCA5基因在四足动物中以类群特异性模式发生快速倍增,从而在树图上形成了类群特异的枝簇(clade),比如西方爪蟾枝簇、鸡特异枝簇、胎盘类枝簇和有袋类枝簇等。4.非ABCA5基因在倍增后受到正选择作用,且推倒出的正选位点主要分布在碳端跨膜区域(C-TMD)。5.哺乳动物的ABCA6和ABCA8a两个基因受到正选作用,说明其可能发生了功能上的分化。为了进一步搞清楚ABCA亚家族基因在其它物种中是如何进化的,以及脊椎动物中保守成员是何时产生的,我们考查了现存的与脊椎动物关系最近的无脊椎动物——文昌鱼。结果在厦门白氏文昌鱼中克隆到5个不同的ABCA基因的部分序列,将其与佛罗里达文昌鱼比较后,我们推断两种文昌鱼的ABCA成员的数目和种类应该是一样的,都包括6个基因,它们分别是ABCA1/4/7、ABCA2、ABCA3、ABCA5a和ABCA5b。两种文昌鱼ABCA同源基因间蛋白序列的相似性大都高于90%,并且基本上都高于人和小鼠相应基因的相似性。以ABCA2基因估算出两种文昌鱼的分化时间应在