甘蓝型油菜SNP遗传连锁图谱的构建及品质性状QTL定位

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油菜品质改良是油菜品种选育的一个重点工作,油菜品质性状的遗传研究和QTL定位将为分子标记辅助育种和重要基因的克隆奠定坚实的基础。现在在国际上鲜有将SNP芯片技术应用于甘蓝型油菜遗传图谱构建的报道。本研究以甘蓝型油菜“8008”与“4942c-5”为亲本构建了一个包含181个株系的DH群体,利用SNP芯片、SSR、AFLP和IP等标记构建了甘蓝型油菜的遗传连锁图谱,利用2年3点的试验数据,初步定位了控制油酸、亚油酸、亚麻酸、含油量、蛋白质、总硫甙等6个品质性状的QTL位点。主要结果如下:1、亲本“8008”与亲本“4942c-5”的6个品质性状间都至少在1个环境中能表现为极显著差异,适合于构建分离群体。2、正态检验结果表明:6个品质性状在该DH群体中都是符合正态分布的,说明这6个性状都是由多基因控制的数量性状,适合于进行QTL分析。3、DH群体品质性状2年3点的相关性分析表明,蛋白质含量与含油量呈极显著负相关;和总硫甙在2个点呈极显著正相关。含油量和总硫甙在2个点呈极显著负相关。油酸和亚麻酸呈极显著负相关,和亚油酸呈极显著或显著负相关。亚麻酸和亚油酸在2个点呈极显著正相关。油酸和蛋白质呈极显著负相关,和含油量呈极显著正相关,和总硫甙相关性有正有负。亚油酸在2个点和蛋白质呈极显著正相关,和含油量呈极显著负相关,和总硫甙呈极显著负相关。亚麻酸和蛋白质呈极显著正相关,和含油量呈极显著负相关,和总硫甙在2个点呈极显著正相关。这些相关性验证了它们彼此间的依存关系。4、利用甘蓝型油菜SNP芯片和PCR标记技术构建了一张高密度遗传连锁图谱。图谱全长2328.97cM,包含20个连锁群,其中C1连锁群断开为Cla和C1b两条,连锁群长度在52.05cM-177.39cM之间。图谱包含SSR标记248个,AFLP标记158个,IP标记87个,SNP标记1102个,总计1595个标记,其中有38.18%为偏分离标记,标记平均间距为1.46cM。5、利用WinQTLCart2.5软件,选取复合区间作图法,对DH群体的6个品质性状进行QTL扫描。共检测到139个QTL,其中控制亚麻酸、亚油酸、油酸的QTL位点分别有29、16、16个,控制蛋白质含量、含油量、总硫甙含量的QTL位点分别有25、27、26个,分布于除A2、A8、C2、C4-C7外的所以连锁群上,贡献率介于3.41%-38.43%。不同环境中能重复检测到的QTL个数:亚麻酸14个;亚油酸5个;油酸6个;蛋白质14个;含油量20个;总硫甙13个。6、利用BioMercator2.1软件对139个QTL分不同环境和不同性状进行两轮整合分析,按不同环境进行整合得到101个consensus-QTL,其中有21个major QTL,按不同性状进行第二轮整合得到64个unique-QTL,其中有25个多效性unique-QTL。多效性unique-QTL控制的性状由多到少分别为亚麻酸、蛋白质、含油量、总硫甙、亚油酸、油酸,个数分别为16、15、13、7、6、6;性状特异性unique-QTL从多到少分别为总硫甙、油酸、亚油酸、亚麻酸、含油量、蛋白质,个数分别为12、8、7、6、3、3。
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