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论文包括两个部分，共五章。第一部分从c-mos和12S rRNA基因序列变异探讨了现生鸟类的早期演化和三趾鹑类的系统发生地位；第二部分，利用鹭科鸟类的部分微卫星座位，对12种鹭科鸟类进行了分析，探讨鹭科鸟类系统发生、微卫星等位基因大小异源同型及其进化。 1、通常认为古腭型鸟类处在现生鸟类系统进化树的基部，最近的分子水平研究则认为今腭型鸟类中雀形目种类构成了现生鸟类中一个最古老的支系。本研究通过对现生鸟类中21目39种的核c-mos基因和线粒体12S rRNA基因部分序列的分析，从分子水平对现生鸟类的早期进化及三趾鹑鸟类的系统发生进行了探讨。研究结果表明，鸡雁类是现生鸟类最古老的一个支系，现生鸟类的祖先并不是经白垩纪到第三纪大灭绝后残留下来的一些过渡性水鸟（transitional shorebirds）。在现生鸟类中，今腭型鸟类为并系发生，占腭型鸟类为单系发生。三趾鹑类在系统发生中晚于鸡雁类和古腭型鸟类，早于今腭型鸟类中非鸡雁类鸟炎，与鹤形目鸟类的亲缘关系较远。建议将现生鸟类分为初鸟下纲和新鸟下纲2个下纲，三趾鹑类属新鸟下纲的三趾鹑目。 2、使用大监鹭（Ardea herodias）的9对微卫星引物，对12种鹭科鸟类进行了扩增分析，发现在近缘种的交叉扩增效果较好，在鹭亚科鸟类中的扩增效果普遍好于（?）亚科。研究统计了芜湖地区的夜鹭种群Ah414座位的等位基因频率，发现该种群具有较高的遗传多样性。部分座位的交叉扩增的成功，为从微卫星变异研究鹭科鸟类的种群遗传结构研究提供了保证。同时，根据扩增情况，计算了12种鹭科鸟类的遗传距离，重建系统发生树。系统发生分析表明，鹭科鸟类在进化中分成2支，第一支由鹭亚科的8种鸟类构成，第二支由（?）亚科的4种鸟类南京师范大学2004届硕士学体论又构成。这‘。125:RNA基囚的研究结果·致。微巨星引物在鹭科鸟类近缘种间的成功应用，将为今后在种才洋遗传和系统发生的研究提供保证。 3、!级接测序的方法可以分析种群的微U.星妙1“异源同型及其对种群遗传分析的影响。{口日艺检测了米}」夜鹭两个种群共24/、体的微lJ星Ah414座位，通过对7个电泳型41个叮l一，。’{J的序列测定，分析了{次!走星序列变异。‘实验共获得包含微胜星亚复序列在内大约24（）bp左右的23个·卜同等位基囚，发现它们之间的长度差异l二要囚为重复区的突变和侧翼序列的1.亏个位点变异。基于电泳型分析的获得的种群遗传多样性和华少等位基因序列分析获得的种群遗传多样性比较，表明等位基囚大小异源同型可能会对种群遗传结构估计不足。根据微卫星侧翼序列的变异，重建了各等位从囚fl勺系统发‘仁关系。才宇位基因的大小与等位基因的系统发z}:1几无明显的相关性也表明片段人小足个小可靠的指标。 4、通过对鹭利一7种鸟类微lJ.星Al讲14座位i勺研究，发现鹭科鸟类靠近重复序列的侧翼序列的变异较人。Al飞414座位等位基月的变异的原因是:（l）重复单儿的增加或减少;（2）侧翼序州阳减华替代和插人缺失;（3）重复单元内部的碱从件代。All4 14座位等位草囚问的人小异源1司型见象，1二要原因是重复单元内的件代以及侧冀序列的突变。研究结果也表}归，侧定蜘犷列变异分析l:川lJ几微l之星的突变过程的侧}究，根据侧翼序列变异也l一lJ一进了J几微lJ.星等位基囚、利，群间以及物种{fll的系统发‘I一关系的分析。