加工辣椒已快速成为新疆的红色产业，对于农民收入和区域经济发展发挥了重要的作用。病毒病的发生严重影响了加工辣椒的产量和品质。因此，通过对新疆石河子加工辣椒病毒病的调查研究，为病毒病防治提供了理论依据。利用五点调查法对石河子加工辣椒上病毒病发生发展、症状类型、发病程度进行了初步调查。结果显示，2013年石河子加工辣椒病毒病从6月下旬开始发生，至8月下旬达高峰期。症状类型可归为4类：花叶型、黄化型、坏死型、畸形，其中花叶型最普遍，其次为坏死型；调查的6个加工辣椒种植地病毒病发病率和病情指数分别在14.5%~64.4%和9.0~41.5之间，且差异显著。说明加工辣椒病毒病在石河子地区普遍发生，且不同地方发病轻重程度不同。利用五点法对病毒病发病影响因素的调查结果显示，不同品种、栽培方式及有无防虫网对病毒病的发生存在显著影响。加工辣椒品种的抗病性越强，病毒病发生越轻；移栽发病轻，直播发病重；有防虫网发病轻，无防虫网发病重，表明品种、栽培方式及有无防虫网设置与病毒病发生关系密切。对采集的139份加工辣椒样品分别用10对特异性引物进行RT-PCR检测。结果表明，91%的加工辣椒样品呈阳性。检出的毒原种类有CMV、PMMoV、BBWV2、ChiVMV、TMV，其中CMV、PMMoV检出率最高，分别为61.9%、58.3%。说明危害石河子加工辣椒的主要病毒毒原为CMV、PMMoV。受侵染的样品中87份为复合侵染，存在7种复合侵染类型。各症状所对应毒原种类的检测结果发现，一株加工辣椒植株可以被一种病毒侵染或被多种病毒复合侵染。受同一种病毒侵染或同几种病毒复合侵染的不同加工辣椒植株上可表现出多种不同的症状。将获得的加工辣椒病毒分离物CMV-SC、PMMoV-SC、BBWV2-SZ克隆和测序，序列分析结果表明，CMV-SC与其它CMV分离物的同源性达93.7%-97.1%；PMMoV-SC与其它PMMoV分离物的同源性达94.1%-99.8%；BBWV2-SZ与其它BBWV2分离物的同源性达84.9%-99%。通过对田间调查及实验室病毒检测制定了五种病毒防治策略：选用抗病性强的品种、种子处理、移栽、设置防虫网以及加强田间管理等措施可防治加工辣椒上病毒病的发生与危害。