当前,国家正在继续深入重点实施十二五科技发展规划及国家中长期科技发展规划纲要(2006-2020),我国科技经费总体情况继续保持大幅上涨态势。2012年(R&D)支出经费已突破万亿元大关,占国内生产总值(GDP)比例达到1.97%。这其中高校作为科学研究的主力军,肩负着高等教育和科学技术原始创新主要来源及各类各层次人才培养锻炼的重任,承担了大量的国家、地方及企事业合作项目和科研经费。科研经费的数量的大规模增长和科研经费种类的快速增长,为科研经费的管理提出了重大挑战,目前关于科研经费的“跑冒滴漏、触目惊心”和科研经费成为“唐僧肉”的现象,已经逐渐成为社会关注的热门话题。本文试图通过对美国COSO报告委员会1994年修改的《内部控制——整体框架》理论框架,国内学者对内部控制的理论研究和发展,尤其是对高校科研经费的内部控制的研究,结合高校目前对内部控制制度的建立和管理,重点关注高校科研经费内部控制失灵的问题,分析高校科研经费内部控制的各要素组成：控制环境、控制活动、监督评价等,以A高校为例,具体从内部控制失灵的表现和原因两方面进行探讨,并提出具体的应对策略。首先,本文从经典的内部控制的理论框架研究入手,总结国内对高校科研经费内部控制的研究,提出适合高校的科研经费内部控制的两层要素框架。其次,本文以A高校为例,对科研经费内部控制的现状做了一个调查,通过对科研经费执行第一线的科研人员的视角,分析总结高校科研经费内部控制各个部门、各个要素发挥的作用和目前实施的情况。再次,本文运用了大量的科研经费内部控制管理中的实例,从控制环境、控制活动、监督审计三要素方面对科研经费内部控制失灵的表现做了详实的分类总结。归纳了科研经费内部控制失灵具体表现的违规、违纪、违法行为,并结合三要素提出了内部控制失灵的原因。最后,本人结合科研工作管理的实际经验,与科研人员沟通反馈的意见,提出对加强科研经费内部控制,防止科研经费内部失灵的对策建议,期望科研经费的内部管理能够从以前的注重结果管理逐渐转变到结果管理和过程管理协调控制的管理方式,确保科研经费合理、合法、高效使用,保障科研项目优质完成。