经典数量遗传学中,综合选择指数是以微效多基因遗传体系来分析的。现代数量遗传学已将微效多基因遗传体系发展为主基因-多基因遗传体系。因而对主基因-多基因性状与微效多基因性状混合综合选择指数进行研究探讨,是势在必行的,以便对动-植物育种的选择有更好的指导和参考作用。微效多基因的数量性状的表型服从正态分布,但是主基因-多基因性状却表现为偏态或多峰。所以需要先对主基因-多基因性状进行混合正态分布的分离分析。本研究采用混合正态分布的EM算法,借助于不分离世代的实验结果,分别估计各性状的表型方差、主基因遗传方差、多基因遗传方差和环境方差等参数,并在经典综合选择指数理论的基础上进一步给出主基因-多基因性状与微效多基因性状的综合选择指数模型,并给主基因的QTL定位提供信息。其具体方法如下:第一,利用不分离世代的数据估计环境方差;第二,利用各个性状所确定的频数分布来确定所研究性状属于主基因-多基因性状或者是微效多基因性状。如果是微效多基因性状则按经典数量遗传体系的方法估计有关参数;如果性状为主基因-多基因性状,则利用混合正态分布的分离分析的方法,估计各个成分分布的数字特征及有关的遗传方差;第三,在以上两点的基础上,建立主基因-多基因性状与微效多基因性状综合选择指数的数学模型,同时判断主基因对遗传方差的贡献。如果主基因所占比例很大,则需对主基因的QTL定位,通过控制主基因座达到控制表型性状提高选择效率的目的。此外,本研究以一个主基因-多基因性状与一个微效多基因性状混合为例来进行研究,这种方法可以推广多个主基因-多基因性状与多个微效多基因性状混合的情形。