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提高产量是小麦育种的重要目标，开发产量性状相关基因的功能标记，对小麦分子育种具有重要意义。功能标记是根据功能基因不同等位变异的序列多态性开发的，能够准确区分目标基因的不同等位变异，是小麦育种中分子标记辅助选择的理想工具。迄今为止，小麦加工品质、农艺性状和抗病相关的30多个位点已经克隆，已开发了93个等位基因的97个功能标记。本研究分析了普通小麦籽粒灌浆过程中影响千粒重的细胞壁转化酶基因TaCwi-A1不同等位变异的表达模式；以控制水稻穗型结构OsDep1为候选基因，采用用同源克隆方法克隆了普通小麦TaDep1基因并开发了等位基因特异性分子标记。主要结果如下：1.采用半定量RT-PCR技术，分析了4个TaCwi-A1a基因型和3个TaCwi-A1b基因型的普通小麦品种在籽粒开花至成熟期间基因的时空表达模式。具有TaCwi-A1a与TaCwi-A1b等位基因品种的组成性转录本丰度在籽粒发育初期0-7天的转录表达量最高，7-14天丰度逐渐下降，至35天时转录表达停止；在籽粒发育28天时，4个具有TaCwi-A1a等位基因品种组成性转录仍在表达，而另外3个具有TaCwi-A1b等位基因的品种组成性转录表达已经停止，这种差异可能是导致两种基因型品种千粒重差异的原因之一。2.克隆了普通小麦第5同源群染色体上的TaDep1基因的全长序列，包含5个外显子和4个内含子，与水稻OsDep1具有相似的基因结构。TaDep1-A1、TaDep1-B1和TaDep1-D1的开放读码框分别为918bp、888bp和900bp，编码305、295和299个氨基酸残基；TaDep1-B1编码氨基酸残基与大麦HvDep1编码的氨基酸残基相似度为93.3%，与乌拉尔图小麦TuDep1编码的氨基酸残基相似度为89.9%，与水稻OsDep1编码氨基酸残基相似度为46.9%。在普通小麦品种中克隆了5个TaDep1-A1等位变异，不同等位变异之间有11个SNP，1个InDel。等位变异TaDep1-A1a与TaDep1-A1b的cDNA序列和氨基酸序列相同，TaDep1-A1c、TaDep1-A1d和TaDep1-A1e的cDNA序列和氨基酸序列一致，其基因序列的差异在内含子区；TaDep1-B14个等位变异之间有13个SNP，4个InDel，其中TaDep1-B1c第5外显子上有1个30bp的InDel。等位变异TaDep1-B1a与TaDep1-B1b cDNA序列和蛋白序列完全相同；TaDep1-D12个等位变异，有2个InDel和2个SNP，等位基因TaDep1-D1a和TaDep1-D1b编码氨基酸序列上只有1个氨基酸的差异。根据TaDep1-A1和TaDep1-B1位点不同等位变异间的SNP和InDel开发了3对显性互补标记和1个共显性标记，可以准确鉴别不同等位基因；用这些标记对4个群体和430多份小麦品种进行检测，发现不同基因型的株高、穗长、小穗数、穗节间和千粒重均没有显著差异，即小麦的TaDep1基因与产量相关性状没有显著关联。其中，可准确区分TaDep1-B1c与TaDep1-B1a、TaDep1-B1b、TaDep1-B1d的共显性标记Dep19是根据第5外显子上一个30bp的InDel开发的。