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自从植物雄性不育材料被发现以来,特别是核质互作雄性不育系的问世,已被广泛的应用到作物杂种优势利用上,并带来了巨大的经济效应。在三系杂交水稻生产上,由于细胞质雄性不育系扮演了重要的角色,因而关于细胞质雄性不育的研究早已广泛展开,以往研究表明不育胞质会影响到核基因组的表达,从而导致表型上的差异,但迄今未从胞质影响核基因组的甲基化修饰水平上来说明胞质对核质的影响。本文利用4份不育系(金23A、G46A、D62A和Ⅱ-32A)及对应的保持系(金23B、G46B、D62B和Ⅱ-32B)分别和强恢复系蜀恢527杂交,分别从表型和基因组甲基化修饰水平上研究不同胞质对亲本和杂交F1代的影响,具体结果如下：1.不育系(A)和相应保持系(B)的核相同而质不同,通过对它们与恢复系(R)的杂交F1代的农艺性状调查发现,与B/R(保持系/R527的F1)相比,A/R(不育系/R527的F1)的剑叶长宽、有效分蘖等营养性状较好,表现出正效应；而生育期较长,花粉育性、穗颈长、穗长、结实率等产量性状上较差,表现出负效应。2.不育系与对应保持系相比,其最大差异是花粉不育、穗包颈,株高降低,抽穗延迟等,同样的,A/R与对应的B/R在上述性状上依然存在差异,并且差异程度正相关于不育系与保持系间的差异。这表明强恢复系依旧不能完全补偿不育胞质的负效应。3.比较不育系和对应保持系的甲基化水平,发现不育系和保持系的Ⅰ型甲基化差异特别明显,印水型>野败型>冈型/D型；不育系和保持系在甲基化总带数、MSAP%、全甲基化带数和全甲基化率也有差异：印水型和野败型的差异程度相似,都远远大于冈型和D型的差异,这可能说明不育系和保持系的DNA甲基化水平差异是与核供体与质供体的遗传距离相关的。4.比较亲本间和F1间的甲基化水平差异变化,发现恢复系的引入能影响不育系和保持系间的甲基化水平差异,但影响程度不同,大体上亲本的甲基化水平差异大的,在F1中差异也大。5.比较亲本间和F1间的甲基化多态性变化,发现胞质不同能引起DNA甲基化多态性,且恢复系的引入会降低这种甲基化多态性。亲本中野败型和印水型的甲基化多态性位点和多态率较高,而F1中多态性位点和多态率均下降。