环状RNA circIFI30促进三阴性乳腺癌进展的分子机制研究

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目的检测三阴性乳腺癌(triple-negative breast cancer,TNBC)中环状RNA circIFI30的表达情况,分析环状RNA circIFI30的表达量与三阴性乳腺癌患者临床病理特征及其预后的关系,并进一步揭示环状RNA circIFI30其可能作为miR-520b-3p的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控miR-520b-3p靶基因CD44的表达,从而促进TNBC进展的分子机制,为circIFI30作为TNBC临床诊断和治疗的新分子靶点提供科学依据。方法应用转录组测序(RNA sequencing,RNA-seq)检测人TNBC和癌旁组织(4对),得到了circRNA的差异表达谱。采用Sanger测序、PCR扩增、RNA酶R消化等方法鉴定circIFI30。利用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)验证circIFI30、miR-520b-3p和CD44在38例TNBC患者组织中的表达;在组织芯片上,通过原位杂交(ISH)实验验证circIFI30的表达。体外实验,应用CCK-8、克隆形成实验以及EdU观察TNBC的细胞增殖;Transwell和划痕实验鉴定TNBC的细胞侵袭和迁移;利用TUNEL和Hoechst 33342染色观察TNBC的细胞凋亡;通过流式细胞术观察人TNBC细胞的细胞周期和凋亡;蛋白质印记法(western blot)检测人TNBC中Bcl-2、Caspase 3和Bax等凋亡相关蛋白,Twist、ZEB1和E-cad等EMT相关标志物以及CD44的表达情况。体内实验中,我们通过裸鼠构建移植瘤模型来观察肿瘤的发生;并用HE染色检观察裸鼠转移的肺组织中肺结节和肿瘤周围血管生成数目;IHC和western blot实验检测Twist、ZEB1和E-cad等EMT相关蛋白和CD44的表达。机制研究,应用生物信息学预测circIFI30和CD44都可以和miR-520b-3p结合,FISH和RNA核质分离实验观察circIFI30亚细胞定位;之后双荧光素酶报告基因证明了circIFI30与miR-520b-3p的结合,miR-520b-3p与CD44的结合;RNA免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP)及RNA pull-down实验验证circIFI30与miR-520b-3p结合;运用qRT-PCR检测circIFI30,miR-520b-3p及CD44之间的关系,western blot和免疫荧光(immunofluorescence,IF)检测CD44和Twist、ZEB1和E-cad等EMT相关蛋白的表达。结果转录组测序结果显示circIFI30在人TNBC组织中的表达明显高于癌旁组织,qRT-PCR验证也证实了该结果且与CD44表达正相关,同时miR-520b-3p在TNBC组织中低表达;ISH和生存分析结果表明circIFI30表达较高的患者预后较差。CCK-8实验、克隆形成实验及EdU实验三个实验的结果显示circIFI30的上调促进了人TNBC细胞的增殖;划痕及Transwell实验的结果表明circIFI30的上调促进了人TNBC细胞的迁移和侵袭;而下调circIFI30则相反。Hoechst 33342、TUNEL两个实验表明敲低circIFI30使其下调可以导致TNBC的细胞凋亡;流式细胞术显示其下调还导致细胞周期的阻滞。裸鼠的体内实验表明,circIFI30促进TNBC肿瘤的生长和其周围的血管生成,增加肺部转移结节的数量。生物信息学预测circIFI30和CD44与miR-520b-3p存在结合;同时我们通过双荧光素酶报告基因实验证明circIFI30与miR-520b-3p的结合,以及miR-520b-3p与CD44的结合;FISH和RNA核质分离实验显示circIFI30主要定位于细胞质;RIP和RNA pull-down实验证实circIFI30与miR-520b-3p两者能够相互结合。挽救实验表明miR-520b-3p的上调可以拮抗circIFI30上调导致的TNBC进展,相反,miR-520b-3p的下调可以逆转circIFI30下调引起的抑制TNBC进展的作用。qRT-PCR实验验证了circIFI30、miR-520b-3p和CD44三者之间的相互关系;western blot和IF实验显示circIFI30可通过miR-520b-3p调控CD44及EMT相关蛋白表达,最终导致TNBC进展。结论CircIFI30的表达上调,与TNBC预后不良有关。我们首次证明了circIFI30可能是TNBC中的一个新的癌基因,并揭示了一条新的ceRNA调控途径,在该途径中,circIFI30通过分子海绵吸附miR-520b-3p,从而上调CD44的表达,促进TNBC的EMT、发病和转移。我们的数据提示,circIFI30可能是未来TNBC患者一个有前途的预后标志物和有价值的治疗靶点。
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