集体土地所有权一直被认为是权能残缺的所有权,由于处分权能受到《土地管理法》第六十三条的限制,集体土地的收益权能得不到合法保障。基于现实需要而展开的集体建设用地使用权流转实践,并未建立完善的收益分配制度,反而产生了诸多问题。参与集体建设用地使用权流转收益分配的三类主体各有其相应的问题及其成因,本文的分析,将围绕农村集体、集体成员、地方政府这三类主体而展开。农村集体参与收益分配的主要问题在于,代表农村集体行使权利的主体规定得过于模糊。村民委员会管理农村经济事务容易造成村干部权力过大,以及村委会在集体建设用地使用权流转过程中双重代理的问题。集体成员参与收益分配的主要问题在于集体成员的成员资格难于确定,这一直是司法实践中的难点。现有的集体成员资格认定标准,主要是沿用土地征收补偿以及农村集体土地承包中的相关规定,而集体建设用地使用权流转收益分配与上述几项制度有着不同的立法目的,难以直接套用上述规定。地方政府参与收益分配的主要问题为:地方政府不作为集体土地的所有权主体,不应直接参与收益分配。由于地方政府并无征税权限,地方性立法创设的税种也不具有合法性。解决农村集体参与收益分配问题的关键在于,以自然村为单位设置农村集体,便于村民议事监督。以集体经济组织代表农村集体处理经济事务,与村委会的行政事权相分离。保障集体主体的公共服务功能以及社会保障功能,使其参与收益分配,但降低收益分配比例。解决集体成员参与收益分配问题的关键在于集体成员资格的认定标准应以灵活的司法标准为主,由法院在具体案件中,结合实际案情裁量。2014年,国务院推行了户籍改革,取消城乡户籍之间的区分将是大势所趋。依存于农村户籍之上的集体建设用地流转收益分配权,应该进一步去身份化,所以,集体成员的收益分配权不应再附有社会保障功能。在新的形势下,可以将其设计为一项纯粹的财产权益。解决地方政府参与收益分配问题的关键在于改善现有的土地税制,以国家立法的形式规定适用于集体土地的税种,以保障地方政府参与收益分配的合法性,并完成集体建设用地与国有建设用地税收规范之间的衔接,建立城乡统一的土地税制。