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大石鸡（Alectoris magna）和石鸡（Alectoris chukar）是我国北方干旱、半干旱荒漠环境的指示鸟类，前者是我国特有种，分布区狭窄，后者是广布种，亚种分化众多。通过mtDNA测序已经发现在六盘山附近的大石鸡具有石鸡的线粒体单倍型，但关于两种石鸡的核基因的种群遗传结构却知之甚少。本文利用微卫星DNA标记，研究它们的种群遗传结构。目的在于（1）比较两种石鸡各种种群间的遗传差异，重建系统发育关系。（2）明确两种石鸡之间的基因流动方向。（3）推测渐渗杂交发生的时间和机制。 本文的研究发现两种石鸡之间具有显著的遗传分化（Fst=0.2979，Rst=0.1942，Nei’s DA=3.016）。8个微卫星位点在大石鸡88个样本扩增出40个等位基因，在石鸡64个样本扩增出35个等位基因。二者存在25个共享等位基因。大石鸡具有15个私有等位基因，石鸡具有10个私有等位基因。在MCW135、AB121114、AB035840和AB0631676位点两种石鸡的等位基因多态性较高，分布差异显著。发现石鸡的私有等位基因在大石鸡的庄浪、礼县、海原、北道种群的16个个体中出现，频率较低。这些石鸡形态上呈现大石鸡的特征，但基因型却类似石鸡的基因型。因此，我们推测这些个体是大石鸡与石鸡的杂交种，石鸡的基因流入了大石鸡的基因库。 杂交引入的石鸡基因通过回交和重组在大石鸡种群扩散，可能导致杂交带的遗传性、杂合度连锁失衡升高。固定指数在大多数种群（除了高坪和甜水）都是正值，表明杂合缺失。偏离哈德温伯格平衡的可能性P值检验表明大石鸡中定西、红回、海原、靖远种群处于平衡状态，兰州、秦安、北道、礼县种群偏离了平衡；石鸡种群只有盘克种群偏离了平衡。由杂交个体组成的庄浪种群也偏离了平衡。 种群间Fst值和Rst评价显示大石鸡种群间遗传分化程度比石鸡种群间遗传分化程度显著。杂交种与大石鸡的遗传分化（Fst=0.1396，Rst=0.1549）比杂交种与石鸡的遗传分化(Fst=0.1099，Rst=0.0624)显著，大石鸡和石鸡的Nei’s DA遗传距离是3.016，杂种与大石鸡的遗传距离是3.001，与石鸡的遗传距离是0.883，根据Nei’s DA遗传距离计算的大石鸡和石鸡的进化分歧时间大约是188.5万年前，杂种与石鸡的进化