胰腺导管腺癌相关基因的生物信息学分析

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目的:通过对胰腺导管腺癌(Pancreatic Ductal Adenocarcinoma,PDAC)相关基因芯片数据进行生物信息学分析,为研究PDAC发生、发展的分子机制提供理论依据,为其诊断和治疗提供候选靶点。方法:从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载微阵列数据集,以确定PDAC发生、发展的差异表达基因(Differentially Expressed Gen1es,DEGs),并进行功能富集分析。分别通过DAVID在线分析软件、STRING在线数据库、Cytoscape软件和GEPIA在线分析工具进行差异表达基因的功能注释、通路分析、蛋白质相互作用网络(Protein-protein Interaction Network,PPI)分析及生存分析,筛选得到候选靶点,再对候选靶点进行深入分析。结果:共筛选出234个胰腺导管腺癌差异表达基因,其中上调162个,下调56个,其中有16个基因在不同微阵列数据集里呈现不同表达程度,故排除;功能富集分析发现,这些基因主要富集于氧化还原过程、炎症反应、凋亡过程负调控等生物学过程,以及PI3K-Akt信号通路、阿米巴病、血小板活化、肌动蛋白细胞骨架的调控、氨基酸的生物合成、蛋白质的消化吸收、泛酸酯和辅酶A的生物合成等通路。PPI分析获得1个关键模块和10个关键基因,分别为THY1、COL1A2、COL1A1、FN1、ALB、EGF、ITGA2、CXCR4、HSPG2和KRT19。预后分析和无病生存期显示ITGA2、KRT19的高表达可预测PDAC较差的生存结果。结论:本研究确定了PDAC的关键基因ITGA2、KRT19,关键通路PI3K-Akt信号通路,这可能是其诊断、治疗和预后预测的潜在目标。
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