果树蹄蝠(Mammalia: Chiroptera: Hipposideridae)在国内分布于中国南部的9个省。目前，中国境内不同地区的果树蹄蝠之间是否存在差异以及差异的程度是否达到了亚种水平尚不清楚，迄今未见有关于该物种的大范围综合性比较研究，因此研究果树蹄蝠的种下分类状况是十分必要的。为了弄清中国不同地区果树蹄蝠间的差异及分化水平，2012～2015年，笔者在中国南方的福建、广东、云南、贵州、海南等9个省份进行了一系列的野外考察，对88个蝙蝠栖息洞穴进行了详细调查，在其中的6个洞穴内发现并采集到果树蹄蝠标本、材料及相关数据。将宏观和微观的研究方法结合起来，通过形态学和分子序列的分析，对不同地区的果树蹄蝠进行了详细的比较研究，并对果树蹄蝠之间差异的成因及亚种分类问题进行了探讨。　　1、在福建、广东、云南、海南4个省6个洞穴内，捕捉到100只果树蹄蝠，采集地点涉及闽广沿海亚区、滇南山地亚区、海南岛亚区三个动物地理亚区。在野外对捕捉的果树蹄蝠的16项外形数据进行了测量，翼膜打孔取材后，将其中30只带回实验，其余的蝙蝠原地释放，带回的蝙蝠，头骨制成骨骼标本，测量头骨21项指标，躯体存放于95％的酒精中。利用SPSS20.0对果树蹄蝠外形及头骨指标进行单因素方差、判别和主成分分析，(1)单因素方差分析结果显示:果树蹄蝠雌雄之间差异不大，不同地区果树蹄蝠之间的差异较大。(2)判别分析结果显示:三个地区的果树蹄蝠形态及头骨差异较大，在散点图上，它们明显分为三个组，判别正确率都较高，因此，三个地区的果树蹄蝠在形态上存在显著性差异。(3)主成分分析结果显示:从外形数据中提取的前三个主成分的累积贡献率为63.154％，头骨数据中提取的前三个主成分的累积贡献率为54.894％，分别利用第一主成分和第二主成分构散点图，三个地区的果树蹄蝠在图中能够明显分开，据此判断，三个地区的果树蹄蝠应分属不同的亚种。　　2、比较分析了不同地区果树蹄蝠的Cytb和COI基因序列及差异程度。Cytb基因序列长度为1119bp，共得到6个单倍型，不同地区之间没有共享单倍型的情况。用MEGA5.0计算序列间的遗传分歧，三个地区的果树蹄蝠Cytb序列差异为6.0％～8.5％，同一地理亚区内，序列差异较小，不超过1％。所获COI基因序列长度为645bp，共获得5个单倍型，不同地区间没有共享单倍型。三个地区的果树蹄蝠COI序列差异为5.4％～8.0％，海南岛和闵广沿海亚区均只有一个单倍型，滇南山地亚区三个单倍型之间的序列差异为0.2％～0.3％。基于Cytb和COI基因构建的系统发育树中，三个地区的果树蹄蝠分别聚为三个单系支。三个地区的果树蹄蝠在分子序列上达到了亚种分类水平，该结果与形态结果一致。　　3、从形态和分子数据上可以看出，闽广沿海亚区、滇南山地亚区和海南岛亚区的果树蹄蝠应分属不同的亚种。闵广沿海亚区的标本在形态数据上与H.p.sinesis相似，可以推测，闽广沿海亚区的果树蹄蝠应属于H p.sinesis。演南山地亚区的标本，在多项形态数据上与H.p.gentilis相近，但耳长却不一致。在系统树中，滇南山地亚区的果树蹄蝠单独聚在一支，后又与缅甸的果树蹄蝠聚为一支。印度北部、缅甸北部和泰国的果树蹄蝠被认为是H.p.gentilis，但目前尚没有泰国，印度果树蹄蝠的分子序列数据，因此，滇南山地亚区的果树蹄蝠是否属于H.p.gentilis还需进一步的研究。海南岛的果树蹄蝠在形态上与H.p.pomona和H.p.gentilis均存在差异，在系统发育树中，海南岛亚区的标本单独聚为一支，又与老挝和越南的果树蹄蝠聚在一支，据此，海南岛亚区的果树蹄蝠应属于一个不同的亚种。